蒙元时期停废科举长达八十多年，之后恢复科举。元朝科举每三年一次，分乡试、会试、殿试三级。乡试即唐宋时的发解试。蒙古人、色目人只试经义、对策二场；汉人加试一场，为赋与杂文各一篇。这体现出元朝科举的巨大的民族不平等！
元朝的科举并未改变元朝官僚机构中绝大部分为蒙古、色目贵族和受提拔的胥吏占有的情况，这一点是元朝吏治比其他封建王朝更加腐败黑暗的基本原因。
元朝上层的蒙古、色目贵族，多是文化水平浅陋、不识时务、贪婪昏庸之辈。元朝大量的中下级官吏则由州县衙门的刀笔胥吏提升而来，这批人缺乏封建道德和知识教育，专以盘剥敲诈为务。
历代封建王朝对贪官都有严刑惩治的明文，惟独元朝不给官吏发放俸禄，官吏所辖州县类同封建采邑，等于公开放纵官吏“吃人肚皮”。
明清时代的科举成为一个层次、等级、条规、名目繁多苛严的庞大体系。明清科举有童试、院试、乡试、会试、殿试五级，其中往往又分层次。
明、清两代都实行“科举必由学校”之制，参加乡试的士人，必须是官办学校的生员；地方学校的优秀生员，可以报送到京师国子监读书，而国子监生则可直接选授官职。
明清之世，监生一直有选授官职的可能，一般生员入国子监形成了一套繁琐的等级和规矩。