年仅三岁的大蛇丸亲眼看着自己的父母死去，浑身害怕的颤抖。
他被赶来的木叶忍者接走，成了一名孤儿，长相阴柔的他因天生的蛇瞳被其他孩子所厌恶，直到六岁时，他进入忍校，优异的天赋开始凸显。
曾被三代火影称为：才华洋溢的少年，数十年才出现一个的天才。
他在忍校取得了不菲的成绩，成功被三代火影收入麾下，成为了他的一名弟子。
可因童年被欺压，被厌恶的阴影，害怕被情感伤害的他，始终不肯真心接纳自己的两个同伴，自来也与纲手。
后来，第二次忍界大战爆发，三人奔赴战场。
每天都有人在自己眼前死去，有木叶的人，也有敌人。
在一次行动中，三人小队落入险境，自来也因莽撞的性格落入陷阱已经重伤，纲手紧握着忍具的手也在害怕的发抖，大蛇丸冷冷看着两人，只身走出躲藏的洞穴，引走追来的忍者。
经过几天的周转，他反杀了这些忍者，此刻他也满身伤痕，血流不止。
大蛇丸以为自己要死了，他第一次说出了埋藏在心底的唯一疑问：“生命为何如此脆弱？”
赶来的纲手见到了昏死的大蛇丸，醒来后，大蛇丸的野心开始觉醒，他想要学会所有的忍术，掌握世间所有的真理，成为不死的存在。
为此，他开始走入一条不归路，没日没夜的学习忍术，了解忍术，开发忍术。
还与木叶的根志村团藏联手进行邪恶的人体实验，在这段日子中，大蛇丸了解到了表面光鲜的木叶原来还藏着那么多的阴暗事，这种虚伪，让他对木叶的归属感也开始出现动摇。
志村团藏说会帮助大蛇丸当上火影，到时候就能光明正大的研究更邪恶更神秘的忍术，大蛇丸觉得有趣就同意了。
只可惜两人的计划，被一个新人折断，他就是后来的四代火影波风水门。
战争结束了，大蛇丸的活体试验品也从敌军变成了木叶没人在意的流浪汉，消失的人多了，自然就被发现了。
猿飞日斩大张旗鼓的带兵冲到大蛇丸的研究基地，他如此做，是想给大蛇丸炸毁基地的时间。
猿飞日斩对自己爱徒做的事心知肚明，他没有去