王愉无可奈何，只得答应即刻赴任。虽然此行凶险，但是比起让司马道子不满，比起太原王氏从此被朝廷抛弃，被认为不肯和司马道子站在一起比起来却算不得什么。惹的司马道子不开心，后果更严重。
三天后，圣旨下达。除了任命王愉江州刺史之外，还授予他辅国将军之职，许其假节上任江州。
王愉假节前往江州，上任之后的第一件事便是将胡凯驱逐，夺其一切官职，驱逐出江州。胡凯逃往荆州，向桓玄哭诉。桓玄一时也没有办法，因为他知道，殷仲堪是不可能为了胡凯而向司马道子施压的，只得温言安慰。
王愉按照司马道子的指示，整肃江州军队和官员，将之前的官员和将领都清洗了一遍。逐渐建立了以自己为核心的江州军政格局。
面对朝廷的行为，殷仲堪选择了视而不见。王恭兵败被杀之后，殷仲堪选择自保的行为让他声望和实力损失极大。此刻的殷仲堪只想着自保，并无挑衅司马道子的想法。他寄希望于司马道子遵守承诺，保证他在荆州的利益和权力。江州发生的事情，本就不在他的考虑之内，所以选择了视而不见。
但桓玄却知道，这是司马道子吹响了反击的号角。整肃江州，便是要对之前殷仲堪和杨佺期起兵助王恭的行为发起反击的前戏。稳定了江州，便可构建前线屏障。而司马道子显然不会止步于此。
桓玄意识到了问题的严重性，数次向殷仲堪进言，让殷仲堪保持警惕，最好能够警告司马道子，让他的行为不要太过分。
当初殷仲堪和杨佺期退兵之后，桓玄大怒不已，在一次酒席上，桓玄佯醉指责殷仲堪为了自保不顾道义退兵的举动，引起了殷仲堪的极大不满。两人之前关系倒甚为和睦，但从兵败之后开始，关系疏远了许多。
只不过，桓玄为桓氏之主，荆州乃桓氏盘踞经营多年之地，殷仲堪对桓玄保持着基本的礼貌和敬畏。随着他在荆州的时间越久，便越是对桓玄在荆州的言行感觉到碍手碍脚了。
此番桓玄又来要求自己对司马道子强硬，殷仲堪心中不满。
“南郡公，我乃大晋臣子，督守荆州而已。江州非我所辖之地，朝廷任命官员治理江州，我有何权力指责？我同会