但在秦淮河上，经历午时挫败的桓谦的荆州水军的第二拨进攻已经开始。
鉴于之前遭到的伏击导致的巨大损失之故，桓谦紧急召集了会议，布置作战方略。
很快，桓谦便确定了新的作战战法。那便是肃清河道上的一切，采用大小船只和水陆混合进攻的手段来进行。
就目前来看，对方的大型战船数量不多，也无法遁形。对方之前的伏击是利用了河汊和岸边左近茂密的芦苇荡藏匿小船，然后突然冲出来，利用水鬼进行凿船的进攻。
为了减少这种风险，必须肃清全部河道，确保水军进攻不受骚扰。所以，桓谦命楼船快船和小型船只组成混合作战阵型，采用岸上和水上共同推进的手段，对抵达水门之前十余里秦淮河水道进行全面肃清。
两支兵马在河口登岸，沿着岸边的荒野进行搜索前进。这么做是为了搜索那些河汊和堤外林木之中是否藏有对方伏击的水军。小船未必要藏在芦苇荡中，需要进攻的时候，完全可以从岸上抬着冲入水中，发起进攻。
而河面上，两支由五艘楼船五艘快船二十条小船组成的搜索船队沿着河道两侧的芦苇荡同步搜索前进。小船可深入芦苇荡中搜索，一旦发现敌人，可以提前的示警。快船用来接应和打击敌人，楼船则在数百步外的河道中游弋，进行远程的支援。并且借助楼船的高桅，可以及时的发现芦苇荡中的敌人的痕迹。
在一些茂密的河汊芦苇荡区域，荆州水军动用了火箭进行射击。虽然已经是春天，芦苇已经勃发，但大量去年的枯萎的芦苇还是极为易燃，火箭点燃了大片的芦苇荡，燃起了大火。若里边有敌人小船埋伏，必然被烧成焦炭。
桓谦用他一贯的谨慎细致的作风进行着河道和两侧河岸的清理和推进。和他的兄长桓嗣一样，他并不担心时间缓慢的问题，他要确保再也不会发生之前的伏击之事。
十余里的蜿蜒河道，用这种细致的手段缓慢的推进，耗费了大量的时间。所以，水军的进攻并不比西城攻城兵马的进度更快。
夕阳西下时分，西城进攻偃旗息鼓的时候，桓谦率领的水军两