在欧阳轩看来，自金人入主中原以来，北方汉地落入异族手中已一百五十年，燕云十六州自石敬塘割让给契丹距今也三百余年，再推迟几月也无妨。有强大的武力作为后盾，他并不怕蒙元政权可能的阴谋诡计，也不怕真金不信守承诺。如果因为政治上缺乏灵活性，而选择与蒙元政权死磕，对霹雳军并不利。一方面会徒增霹雳军将士的伤亡，另一方面也会导致下一步战略的失败。在欧阳轩的计划中，不管真金的蒙元政权愿不愿意，他们都将在霹雳军强大的武力下，被迫往西迁陡，成为霹雳军收复西域的先锋。将蒙元政权打得太狠，或将其打残打废，并不符合霹雳军的利益。
开春之后，元军如约撤退了。奥鲁赤部离开大同后，前往了河套平原，前去增援在可敦城的安童和那木罕。得知蒙元被霹雳军打得节节败退的消息后，海都自然不会放过“趁你病要你命”的机会，他在钦察汗国和察合台汗国的支持下，率二十万骑兵往可敦城进发。大都城的元军则兵发两路，分别往北方草原和辽东方向而去。重病在身的忽必烈没有熬过寒冬。遵照其意愿，真金将其灵柩带回斡难河畔。按照蒙古传统，忽必烈的灵柩将在埋在草地之后被万马踏平，送葬之人则被全部杀死，草长成之后将无人知晓。留在上都陵墓的守卫，守护的其实是其衣冠冢。
元军撤退之后，第一军和海军陆战军并没有马上进入大同府和大都城，而是按照医学院的要求，先派人进城，发动城中居民进行大清扫，又运来生石灰进行了消毒。蒙元贵族出行皆骑乘马匹又喜食牛羊，城中牲畜众多粪便遍地，极易滋生病菌。更重要的是蒙古人惯用生化武器，曾在西征之时用投石机将病死的人畜尸体抛入敌人城内，使守军及百姓患上黑死病。自此之后，这种令人闻风色变的瘟疫肆虐西方，杀死了上千万的人口，无数的村庄和城市也由此变得空荡荡。