永元十三年（公元101年）十一月，鲜卑进攻右北平郡，进入渔阳，被渔阳太守击破。[]
永兴元年（公元105年），高句丽太祖王高宫入辽东寇略，被辽东太守耿夔击破，其统帅亦被杀。[]
稳固南境
永元四年（公元92年）冬，溇中、澧中蛮潭戎等叛乱，燔烧邮亭，杀掠官民，郡兵将其击降[] 。永元五年（公元93年），武陵郡兵大破武陵蛮[] 。永元十三年（公元101年）十二月，巫蛮叛乱，攻南郡，永元十四年（公元102年）四月，刘肇派使者都督荆州兵迫降巫蛮[] 。
此外，永元十二年（公元100年）四月，日南郡象林县“蛮夷”二千余人寇掠百姓，燔烧官寺。郡县发兵讨击，斩其统帅，余众乃降。刘肇于永元十四年（公元102年）五月设置象林将兵长史，以防其患。[]
文化
续成汉书
刘肇得知班昭博古通今、学识过人，便下令班昭续写《汉书》，并允许她到皇家东观藏书阁内查阅史料，完成了中国第一部断代史《汉书》的编撰。[
兴办女学
刘肇多次召班昭入宫，为宫里的后妃讲学，后妃们敬仰她的学识，尊称她为“大家”。[] 其中，邓绥除了跟从班昭学习经书外，还兼修天文、算数。[]
定型汉字
刘肇发现五经的解说有异义，而且在文字书写上也不一样，便命贾逵修理旧文字，于是永元八年（公元96年）许慎采集史籀、李斯、扬雄的书，广泛访问民间，请贾逵考证，历经二十多年撰写《说文解字》一书[] ，直至汉安帝建光元年（公元121年）著成并献于朝廷[] 。《说文解字》号称世界第一部字典[] ，为汉字建立了理论体系，开创了部首检字法的先河，对后世影响深远[] 。
永元十三年（公元101年），刘肇亲自到东观，阅览书林典籍，广选有技艺的人到东观任职。[] 刘肇还让左右近臣皆诵读诗书，宫中尚学之风浓厚。
改革策试
在东汉的察举制中，人才多源，但公、私学校出身的经生是主要来源。其中，太学是最重要人才培养机构。太学生的素质会直接影响察