接下来，工程九院集团在吹了几个月的“改革”风之后，终于要将改革举措落地了。
集团公司关于深化改革的文件印发后，根据吕灵的安排，金成捏着鼻子写完了“工程九院新一轮深化改革宣传提纲”，心里骂道：“草泥马的老毕！老林前脚刚走，可以说‘尸骨未寒’啊，你就这么急着把他那一套给推翻了，当真是人走茶凉啊……老林啊老林，你说你又是何苦呢？当初还想让我整理你的历年讲话资料，说是要留给继任者以资参阅，现在你看到了吧，他会参阅么，玩笑简直开大了……”
这次改革的第一项重点内容，是把隧洞院与城建院进行整合，成立城市轨道交通与隧洞设计研究院，简称“城交院”；同时，将建筑院、桥梁院整建制并入城交院。如此这么一来，城交院的规模上千人，占了工程九院的半壁江山，成为名副其实的“巨无霸”。令人费解的是，“振兴隧洞品牌”明明是毕二莘提出来的口号，这特么一改革，“隧洞院”没了，把“隧洞”这两个字都改没了……这是特么什么骚操作？！
第二项内容，是成立铁路院，以原来的线站院为班底，合并机务院的一个所，同时加挂公路院的牌子。当年，工程九院刚成立的时候，即成立的有城交院、铁路院；后来进行深化改革，对城交院、铁路院资源进行整合，成立了线站院、桥梁院、建筑院、机务院、工经院五个直属生产院。如今，同样是“深化改革”，又特么给改回去了。
第三项内容，是对原城建院、隧洞院在华南区域的两个分院进行整合，成立实体化的华南分公司。对于成立华南分公司，当年分管华南区域市场的涂茂提出来过，被林一言给否决了。毕二莘在工程设计院的时候，曾分管华南区域市场，这次掌握权柄之后，与涂茂一拍即合，借着这次改革的机会，把华南分公司给做实了。
第四项内容，是以原机务院为班底，成立水利院，布局生态环保、水利水电等所谓“第二曲线”市场。
第五项内容，是“优化”集团本部职能机构设置：撤销市场开发