但隋军一直遇上阴雨大风瘟疫，非战斗减员达到了九成，最后只能放弃。
隋军撤退后，高句丽向隋朝服软，杨坚见好就收，同意了。
599年2月，杨坚再次北伐突厥。高颎、杨素两路先后胜利。
12月，突厥都蓝可汗被杀，步迦可汗自立。
600年4月，步迦可汗南下，被史万岁击败。
突厥方面称杨坚为“圣人可汗”。
另外，在这段时间，杨坚让五品以上京官推举二科举人。
但这是否能成为科举制的开端，仍有争议。
杨坚依旧猜忌功臣。
王世积被人诬陷谋反，杨坚秉持着宁可错杀不肯放过的想法直接将他杀掉。
之后，王世积案进一步扩大，高颎被牵连，于是将他贬为庶民。
王莽：“那个人已经出生了……”
司马炎：“对了，你们看，杨坚的继承人已经出问题了。”
杨坚对皇后独孤伽罗十分恩爱，也是要与其背后的独孤氏和关陇集团牢牢绑定。
杨坚的五个儿子都是皇后所生，因此杨坚认为没有嫡庶之分，也就不会发生内斗。
隋朝建立之初，儿子中只有长子杨勇成年，他也没有犯什么错，因此被杨坚重视。
杨勇很快被立为太子。
但杨勇很快就受到了杨坚的猜忌和不满。
杨勇与正妻元氏没有子嗣，却有很多庶子，违背了杨坚和独孤氏的意愿。
而杨广就演得相当不错，他只和正妻萧氏居住，并装作勤俭和不近女色的样子。
杨广又获得了江南豪族的支持，江南进入他的势力范围。
杨广接着在独孤皇后面前演戏，将矛头引向太子杨勇。然后又联合重臣杨素、杨约。
在他们的打击和诬陷下，杨勇受到杨坚的猜忌，东宫势力不断瓦解。
600年10月，杨坚废杨勇太子位，将其软禁，然后改立贤德的次子杨广为太子。
在杨素的操作下，史万岁虽击败突厥却没受到任何嘉奖。
史万岁归朝申诉，杨素却趁机诬陷。杨坚不顾将士的求情，将史万岁当场杖毙。