乾隆四十一年四月，阿桂班师回朝，乾隆帝亲临良乡，赐阿桂御用马鞍，回到京师献俘之后，御赐紫光阁画像，赏赐无数，次年再次被派往云南接受缅人纳贡，又因缅使不至，被召回京师。
乾隆四十四年黄河在仪封、兰阳决口，阿桂奉命前往堵塞决口，阿桂到决口处下令从郭家庄引流黄河，修筑拦截黄河的堤坝，在下流的王家庄修筑引流黄河的堤坝。
次年三月堤坝竣工，黄河决口被堵住，阿桂被召还京，同年十二月底，阿桂奉命前往浙江勘测河塘。
乾隆四十六年一月，修筑鱼鳞石塘、柴塘和范公塘，工程完工后，他前往清江查勘陶庄河道及高堰石工。
黄河青龙冈段皇帝决口后，阿桂从甘肃赶到河南，和江南河道总督李奉翰一起想办法去堵塞决口，
阿桂按照以前的办法，在决口两端筑堤坝，等堤坝将要合龙时，副将建议水势很大应该过一段时间再合龙，
阿桂不听，结果合龙失败，东坝塌落，黄河再一次决口，阿桂自己弹劾自己，
请求令派他人督办河工，乾隆皇帝以近年诸臣中治河没有能比得上阿桂的人，让他安心治河。
乾隆四十七年四月，阿桂奏请提出新的治理措施，即在上游筑大堤下游引河疏导，终于在第二年春天完成了青龙冈黄河决口堵塞工程。
乾隆五十年八月，阿桂再赴河南，勘察微山、睢州工，并察洪泽湖、清口形势，并根据自己的实际考察，提出了引黄济运的方法，被朝廷采纳。
次年，阿桂奉命去赴清口勘察堤工，并勘察江南桃源安东黄河漫口情形及堵筑事宜。
乾隆五十二年六月，阿桂赶到河南睢州督促十三堡处堵塞事宜，历时四个月终于成功修筑拦黄坝，
次年七月，阿桂又奉命前往荆州去查看水患情况，提出来先筑坝再挖引河的治理办法，取得巨大成效。
乾隆四十六年甘肃的撒拉族和回族民众举行了起义，乾隆帝命阿桂和和珅前往督师，
阿桂此时在督办河工和珅先至甘肃，督师镇压，损失惨重，和珅将责任归咎诸将不听调遣，
阿桂到甘肃军营，诸将令行禁止，乾隆