帕尼帕特一带地势平坦，非常适合使用骑兵和侧翼进攻战术。战斗开始时，密集的洛迪军向巴布尔的军队发起进攻，但密集的阵型反而为巴布尔的火器提供了理想的射击目标。巴布尔命令两个火器专家操纵火器，并用战车加强防线，将阿富汗人牵制在一道漫长的防线上。随后，他命骑兵迂回到敌军侧翼，出其不意地发动攻击。骑兵与火器的有效配合，使巴布尔的军队获得了辉煌的胜利。伊卜拉欣战死，德里和阿格拉随即被占领。4月27日，巴布尔在德里的大清真寺举行了礼拜仪式，宣布自己为“印度斯坦皇帝”，这标志着德里苏丹国在印度320年统治的终结，莫卧儿帝国正式建立。
帕尼帕特之战是一个重要的转折点，为巴布尔征服整个北印度奠定了基础。然而，攻陷德里后，巴布尔仍需面对两方面的敌人：占据恒河平原的阿富汗人和南方的拉杰普特人。巴布尔采取了双管齐下的策略，一方面派儿子胡马雍向东进攻，另一方面亲自率军对付拉杰普特人。
胡马雍在8个月内将势力扩张到比哈尔境内，巩固了东部的领土。与此同时，巴布尔亲率大军前往美华尔（今印度拉贾斯坦境内），与拉其普特人作战。拉其普特人信奉印度教，骁勇善战，其首领拉那·桑伽身经百战，远比伊卜拉欣·洛迪的军队强大。当拉那·桑伽得知巴布尔留在印度后，立即与阿富汗人结成联盟，组织了一支8万人的军队开赴阿格拉。1527年3月，巴布尔与拉其普特同盟在阿格拉以西的坎努村进行决战。
在决战前，巴布尔发表了一番鼓舞士气的演说。他砸碎了金杯，对自己的部下说：“拥有荣誉，即使我死了，我也感到满足。我的身体既然属于死神，那么请让荣誉属于我。”这次演说极大地激发了士兵们的斗志，使军心涣散的巴布尔军队重新团结起来。经过10小时的激烈战斗，拉其普特人抵挡不住莫卧儿军的猛烈炮火，最终饮恨败北。
1528年，巴布尔以重大代价夺取了拉其普特人的堡垒钱德里，并屠杀了守军。同年，胡马雍在奥德被阿富汗人击败，巴布尔迅速从钱德里前往奥德支援他。1529年，巴布尔取道阿拉哈巴德、贝纳勒斯（今印度瓦拉纳西）、加齐帕尔，向东方进军，在巴特纳打败了比哈尔的阿