斯提里科的才能、声望和他的军事成就，自然引起了东罗马帝国权臣鲁菲努斯的嫉妒。鲁菲努斯掌握了东罗马的实际权力，控制了皇帝阿尔卡狄乌斯，因此斯提里科与鲁菲努斯之间的对立和争执，最终导致了帝国的最后分裂（395年）。这一分裂对帝国的政治形势产生了严重的后果。
395年，斯提里科成功击退了莱茵河地区的日耳曼人入侵后，帝国东部的局势却变得更加紧张。以阿拉里克为首的西哥特人利用帝国分裂的有利时机，对帝国发动了进攻。他们未经任何阻挡便进入了色雷斯，越过马其顿平原和帖萨利亚平原，直达奥埃达山麓。沿途，奴隶和隶农纷纷加入他们的行列，给予支持。伊吕里库姆地区，包括亚得里亚海东北面的几个行省，是东西罗马经常争夺的地方。斯提里科借口抵抗哥特人，率军前往帖萨利亚，并宣布重新指挥东罗马军队，试图借此机会夺得全部伊吕里库姆。
斯提里科在同哥特人的长久对峙中，曾使阿拉里克受挫，并打算继续进行追击。然而，此时他接到了东罗马皇帝阿尔卡狄乌斯的命令，要求将东罗马军队调回君士坦丁堡。这一命令是在鲁菲努斯的干预下发出的。斯提里科表面上没有表示异议，实际上却在暗中策划。在他的安排下，由一位哥特人率领的东罗马军队于395年11月27日回到君士坦丁堡，在欢迎仪式上杀死了鲁菲努斯。鲁菲努斯的全部财产被没收，但他的军事指挥权却落到了东罗马宦官优特洛皮乌斯手中。斯提里科并未达到夺回东罗马军权和吞并全部伊吕里库姆的目的。
东罗马皇帝及其宠臣们对斯提里科怀有极大的恐惧和嫉妒，他们多次派出刺客企图暗杀他。君士坦丁堡元老院甚至发布了一项法令，宣布斯提里科为国家的敌人，并没收了他在东罗马行省中的庞大财产。斯提里科与东罗马政府的关系急剧恶化。
397年春，斯提里科再度率军进入希腊，在埃利斯包围了西哥特人，但未能迫使后者就范。此时，东罗马无力抵抗阿拉里克，为了安抚他并将其引向西方，东罗马政府经过秘密谈判后，宣布任命阿拉里克为伊吕里库姆总督。尽管当时在东罗马势力范围内的只是伊吕里库姆的东部地区，这一任命在政治上却取得了对抗斯提里科的优势。阿拉里克虽然得到了一个虚衔，但这一