乾隆四十年（1775年），英祖病症加重，李祘开始代摄各种祭祀，并逐渐涉足朝政。在洪国荣等东宫僚属的保护下，李祘与“清民党”接近，逐渐在朝中站稳了脚跟。同年十一月，英祖在召见左议政洪麟汉时询问了李祘对朝政的了解程度，洪麟汉的回答被洪国荣等认为是阻止世孙代理听政的企图。于是，洪国荣等人找到行副司直徐命善，让他上疏弹劾洪麟汉。英祖采纳了弹劾，罢免了洪麟汉，随后命李祘代理听政。
乾隆四十一年（1776年）三月初五日，英祖薨逝。李祘在准备代英祖主持大报坛的春享大祭时听到了英祖的死讯，不得不中止祭祀。三月初十日，李祘在庆熙宫崇政门即位，是为正祖。即位后，他迅速清洗了反对势力及曾陷害生父的相关人员，巩固了自己的统治地位。
巩固统治，肃清逆贼
正祖即位后，虽然清洗了反对势力，但还有一些残余势力并未被清除。例如已故大臣洪启禧就曾陷害过庄献世子（思悼世子追尊后的谥号）。其后，洪启禧之孙洪相范企图弑杀正祖，发动了“丁酉之变”。正祖经过一系列的调查和审讯，最终将洪启禧家族成员悉数处死。
在肃清逆贼的同时，正祖还颁布了《明义录》和《续明义录》，宣布逆贼罪状，阐明自己的正统性。他安排洪国荣等为“义理主任”，负责维护自己所确立的《明义录》义理。然而，洪国荣权势熏天，试图让正祖之侄常溪君李湛过继给元嫔洪氏，成为正祖的储嗣，并谋害王妃金氏（孝懿王后）。正祖发觉后，于乾隆四十四年（1779年）九月令洪国荣致仕，翌年二月将其逐出朝廷。
抱憾而终，中兴传奇
正祖在位期间，朝鲜王朝迎来了中兴时期。他设立奎章阁，营建水原华城，创设壮勇营，实行通共政策，废止除六矣廛以外所有商店的禁乱廛权，推动社会经济的发展。在对外关系上，他开始正视清朝，并吸收清朝文化。同时，他也是一位学者型君主，留下《弘斋全书》184卷，其作品数量居朝鲜半岛历代君主之冠。
然而，正祖的晚年却充满了遗憾。他原计划在甲子年（1804年）禅位于世子李玜，自己则奉生母惠庆宫洪氏移居新建的水原华城。然而，一向健康的他却在嘉庆