有了美国人的武器物资援助，到六月中旬，整个加里曼丹岛的北部、西部的所有日军据点，全部被婆罗洲抗日军攻陷。沿海的城市因为日本海军军舰的威胁只能放弃占领，但港口设施全部被炸毁，消除了日军再次进占的希望。
加里曼丹岛发生的变故，让日军上下吃惊不小，特别是日本南方军，整个司令部都慌乱一片，所有人都没有想到岛上的情况会在短短一个多月时间就发生如此巨大的变化，前十多天才收到三十七军司令部要转移的消息，后十天就连古晋都已经丢失了。
新加坡司令部的寺内寿一大将，得知这一消息后，将三十七军司令官山胁正隆祖上到现在的所有女性都问候了一遍，直接命令其复员回国到预备役部队去，三十七军司令官由第十五独立旅团的坡田静夫少将担任。
陆军方面有人担责了。海军方面寺内寿一也不想放过，负责南洋地区的海军西南方向舰队司令官三川军一中将，也被他发电报斥责了一顿。因军种及管辖权问题，虽然不能撤了三川军一的职，但勒令他指挥舰队支援岛上步兵作战还是可以做到的。
日军海军部署在南洋地区的西南方向舰队，司令部设在爪哇岛东部的泗水，其实就是日本海军南谴舰队第二舰队。
南谴舰队第二舰队从四三年五月开始就一直停留在南洋地区，负责维持南海到爪哇海之间的治安，改番号为西南方向舰队。
该舰队拥有两艘巡洋舰（足柄号和羽黑号），以及三艘轻巡洋舰（名取号、鬼怒号、五十铃号），另外还有第十六、四十三驱逐舰战队，拥有十二艘驱逐舰和几艘潜艇，各种军舰船和补给、运送舰只加起来大约有三十多条（艘）。
另外，该舰队在南洋地区共有四个根据地（军舰停靠点和、补给点），分别在爪哇岛的泗水、苏拉威西岛的望加锡、帝汶岛的帝力，以及加里曼丹岛的巴厘巴板这四个港口，同时还有两个陆上基地航空部队（304、708）归其节制。
别看西南方向舰队有二十多艘可用于作战的军舰，可偌大的南海几爪哇海，这点数量根本就不够，要不是还有第三十一、四十三这两个海防舰大