2000年，12岁的胡安·马塔进入奥维耶多青训营，他在那里度过了三年时光，据马塔在个人官网上的回忆，他在奥维耶多青训的三年时间里打进了超过100个进球。2003年，在奥维耶多青训营展现出天赋的马塔被皇家马德里看中，15岁的马塔也加盟到了皇马青训营。
2003年夏天，马塔加盟到了皇家马德里青训营，起初他在皇马少年队和青少年队进行比赛，2005-06赛季，马塔跟随皇家马德里青年a队赢得了青年联赛的冠军奖杯，这也让他在没有进入皇马c队的情况下，直接被提拔进入了皇家马德里卡斯蒂亚，即皇家马德里b队。
在皇马b队的2006-07赛季里，马塔与内格雷多、格拉内罗、德拉雷德、阿丹、哈维·加西亚等一众优秀的球员成为队友并肩作战，他跟随皇马卡斯蒂亚征战西乙联赛。但那个赛季皇马b队最终从西乙联赛降级，马塔在效力卡斯蒂亚的一个赛季中打入10球。
2007年夏天，在与皇马的续约谈判搁置的情况下，马塔从皇马卡斯蒂亚转会至西甲的瓦伦西亚俱乐部。起初在瓦伦西亚主帅基克·弗洛雷斯麾下，年仅19岁的马塔得不到太多出场机会。直到罗纳德·科曼成为瓦伦西亚主帅，并逐渐开始清洗队中的老将后，马塔逐渐开始得到表现机会。
在07-08赛季的西甲赛场，马塔共计打入5球，他与大卫·比利亚和大卫·席尔瓦组成了蝙蝠军团的西班牙本土三叉戟进攻组合。蝙蝠军团在那个赛季夺得国王杯冠军，马塔堪称球队功臣。整个08-09赛季，马塔在各项赛事中为球队出场47次，并贡献了14个进球和20次助攻。
2009-10赛季，马塔接过安古洛留下的瓦伦西亚10号战袍。他在球队的发挥持续稳定，整个赛季各项赛事共出场51次，攻入14球，贡献12次助攻。2010-