中医与西医不同，凭借经验为主，现代人称为经验医学。苏轼非常热心于收集验方，同时推五行运行之理，研究治病用药的基本。如《与庞安常书》一则，可以作他们之间研究讨论的例子。
端居静念，思五脏皆止一，而肾独有二，盖万物之所终始，生之所出，死之所入，故也。《太玄》：罔、直、蒙、酋、冥。罔为冬，直为春，蒙为夏，酋为秋，冥复为冬，则此理也。人之四肢九窍，凡两者，皆水属也。两肾、两足、两外肾、两手、两目、两鼻，皆水之升降出入也。手足外肾，旧说固与肾相表里；而鼻与目，皆古未之言也，岂亦有之，而仆观书少，不见耶？
……古人作明目方，皆先养肾水，而以心火暖之，以脾固之。脾气盛，则水不下泄；心气下，则水上行，水不下泄而上行，目安得不明哉！孙思邈用磁石为主，而以朱砂、神曲佐之，岂此理也夫？安常博极群书，而善穷物理，当为仆思之，是否？一报。
苏轼论肝，则曰：“凡人，夜则血归于肝，肝为宿血之脏。过三更不睡，则朝旦面色黄燥，意思荒浪，良以血不得归故也。”（《与徐十二书》）论脾，则曰：“脾能母养余藏，故养生家谓之黄婆。司马子微著《天隐子》，独教人存黄气，入泥丸，能致长生。……脾胃固宁，百疾不生。”（《与孙运勾书》）
因为汉医是经验医药，缺乏实证性的理论根据，所以它的内容就不免糅杂。如上列苏轼所论的证例，显然受着非常浓厚的道家学说的影响。道家的研究，目的以养生为主，从养生的方法研究出治安方剂。
苏轼出方用药，反复叮咛，非常仔细，与道书之时涉玄秘者不同。如循守周彦质（文之），患足疾，苏轼有书介绍方药，则曰：
累日欲上谒，竟未暇。辱教，承足疾未平，不胜驰系。足疾惟葳灵仙、牛膝二味为末，蜜丸，空心服，必效之药也。
但葳灵仙难得真者，俗医所用，多藁本之细者尔。其验以味极苦，而色紫黑，如胡黄连状，且脆而不韧，折之，有细尘起，向明示之，断处有黑白晕，俗谓之有鸲鹆眼。此数者备，然后为真，服之有奇验。肿痛拘挛皆可已，久乃有走及奔马之效。二物当等分，或视脏气虚实，酌饮牛