中殿的最深处，也就是后殿大门之前，放置了两个神座，居中为皇帝神座，靠背和扶手均雕有龙头，左侧雕凤头的则是皇后神座。但两个神座并非平齐，而是皇后神座在前，而且座背靠着侧墙。孝陵的这种布置，与定陵的三神座不同，其中的原因也很简单，朱元璋驾崩的时候，只有一任皇后，也只可能有一任皇后，自然是这样一帝一后的布局。
每个神座之前有五件束腰圭角石雕圆座，放置黄琉璃五供，分别是香炉一件、烛台两件和香瓶两件。五供的圆形莲花须弥座上前放了一口存储香油和灯芯的青花大瓷缸，俗称长明灯或万年灯。神座两侧设有一对方形莲花须弥座，用于放置随葬器物。
皇帝神座的后面便是后殿石门。后殿作为安放帝后棺椁的所在，整个空间比前殿和中殿更为宽广和高大。前殿与中殿是纵向布置，纵深方向与甬道相同，而后殿与中殿垂直，横向布置。横长30多米，纵深和顶高均约9米。后殿中部，靠后墙的位置设有宝床，也就是棺床，长20米，宽3米，高半米。棺床中间的位置，向下凿有长04米，宽02米的长方形石孔，中间填有黄土，这就是所谓的“金井”。
朱元璋那巨大的朱漆楠木棺椁，经过好一番的折腾，最终才安放到位。朱标站在棺床之前，凝视棺椁，一动不动。自魂穿以来，与便宜老爹的一幕幕往事在他脑海中不断闪现。对长子朱标，朱元璋倾注了全部的心血，把其作为唯一的接班人来培养。他近几年他发现，原本有些软弱的儿子，似乎一下子像变了一个人，性格坚毅了很多，想法也古怪了很多。
当皇帝不是过家家，不是做老好人，必须杀伐果断，朱元璋对于儿子能够有这样的转变，颇感欣慰。可惜，天不遂人愿，朱标北巡被刺，老天爷竟然要白发人送黑发人，在地府中父子诀别，朱元璋放着万人敬仰的皇帝都不做，情愿替子而死。一念及此，朱标不由得泪眼朦胧，而这一切都与懿文太子的记忆无关，而