这些部族与青藏高原上的藏族，曾同属于强大的吐蕃王朝，民风彪悍，多次击败当时强盛无匹的大唐，甚至一度占领长安。吐蕃王朝灭亡之后，西番地区大部分归在西夏的统治范围，四川西北部地区则属于宋代，设置羁縻州，以土司自治。直到蒙元一统，连同高原上的部族一起，才在名义上归属中原大一统王朝，由宣政院以及下属吐蕃等处宣慰使司都元帅府管辖。
元明交替之际，朱元璋虽然占据了广阔的中原地区，但西北、川西以及青藏地区仍在蒙古诸王的统治下，听命于北元，不曾向大明降服。
洪武三年，大将军徐达在定西大败扩廓主力，北元在西北地区的军事实力骤降，并遣邓愈西进，攻陷朵思麻宣慰司的驻地河州，西番部族大为震惊，加之元顺帝在不久之后驾崩，西番部族包括高原藏族的僧俗首领纷纷遣使请降。
朱元璋在这一地区延续了元代的自治制度，不派流官，由僧俗首领管理各自的地区，并且可以世袭，以保持相对稳定，这种拉拢上层精英的政治路线最省时省力。同时多封众建，大大小小的土司数不胜数，分化他们的实力，以便朝廷统治。
例如，河州的朵思麻宣慰使何锁南普向邓愈请降，并到南京朝见朱元璋，接受封赏。有了他的表率作用，隔三差五就有部族首领带着旧元赐予的金银牌印、宣敕等向明军投降，都受到了很好的礼遇，并授以官职。
洪武四年，以何锁南普为河州卫指挥同知，朵儿只、汪家奴为佥事，下辖千户所八个，军民千户所一个，百户所七个，汉番军民百户所两个。何锁南普等人的官职均为世袭。
河州之地设置卫所，倒不是为了给那些番族首领几个官儿做，而是为了威慑地方，防止这些人与蒙古诸部互相串通，造反作乱。
反观四川西北部的番族地区，都是一些安抚司、长官司之类的土司，主要沿袭了元代的管理体系，没有卫所这样的军事机构。不仅如此，整个四川行省的卫所编制，比之其他各省都少许多。
与此同时，朝廷设立茶马司，以茶叶交换马匹，加强与西番地区的贸易活动，在经济上维持该地区的稳定