六月十二起后金军出发，也算是老天爷也不太想让努尔哈赤这么顺利，开始下起来大雨，而兴华公司给努尔哈赤的军用帐篷和风寒药品起到了很大的作用导致行军困难大大降低，军队中因为风寒导致的非战斗减员也大大减少，而努尔哈赤也不得不停了两天时间。这一停留，努尔哈赤担心大军在外这么久，会泄露军情。于是派了一百人从抚顺走沈阳附近，在那里杀了三十人，活捉二十人，造成一种后金要打沈阳的假象，把明军注意力吸引在沈阳。同时哨探告知开原附近没有下雨。于是努尔哈赤进军开原。
这种举动让杨镐惊讶不已，而上个月陶朗先与沈有荣已经给他和周永春发了信件告知女真人很有可能进攻开原铁岭，两人其实还是认同这个方案，不过他们觉得女真经过东路军得大捷，女真人短时间不会进攻开原铁岭，不过为了开原铁岭的安全，还是调拨了一部分装备和2000多人马交给了马林。不过女真人对沈阳进行了试探进攻，而且从六月开始周围就发现了越来越多女真人的哨骑，这让主帅杨镐立刻让援兵撤回沈阳，对于女真人突然对沈阳方向的进攻，杨镐不得不相信女真人想趁着大雨火器不便使用进攻沈阳。
六月十六日早上，后金军抵达开原，此时开原的守将是从尚坚崖逃回的马林，此时因为刚死两个儿子又被弹劾的头晕脑胀的马林面对开原城已经有些心力交瘁，而守城的基本都是从萨尔浒之战逃回的残军。虽然有一批从沈阳运过来的补给，不过援军又突然离开让马林心里更加没底了。雪上加霜的是，本来城中连基本补给都不足，沈阳运过来的只有人吃的，明军缺少足够豆料，所以只能在城外野地放牧战马。
得到后金进攻消息，马林仓促将明军集合回来。然后安排城上防守后，在城池四门外列阵应战后金。后