毛文龙这个人啊，比较骄狂，经常向朝廷要钱。说皮岛有十万人等着吃饭，其实皮岛的老少爷们加在一起都不到五万人。其实能杀敌的不到两万人，毛文龙竟然号称十万，要百万粮饷。这个事情朝廷是知道的，但是没有点破是因为眼前形势，不好翻脸不但对后金有所牵制，还对朝鲜有震慑作用。如果你们敢结盟，我天朝士兵随时可以进攻。所以朝廷也就睁一只眼闭一只眼。但是这个事情随着袁崇焕的到来彻底改变了。
袁崇焕之前的文官出身，还兼任着都察院右副都御使，而且他也知道目前朝廷的财政是什么情况，用现在的话说袁崇焕是国防部长兼北部战区司令兼中纪委主任，所以他认为花大价钱养着毛文龙这个不听指挥的将领太不划算了，就派人到毛文龙那里管理粮饷，毛文龙一看怎的，还给我派了个政委来，即便是后来去拜见袁崇焕的时候也表现的非常的傲慢无礼，两人的矛盾就越来越大。所以袁崇焕就起了杀心。
1629年袁崇焕以阅兵为由，亲自前往皮岛毛文龙那里，列举了毛文龙侵吞钱粮，草菅人命等十二条罪状，请出尚方宝剑就把毛文龙给斩杀了。这可真是离了大谱了，后金军虎视眈眈你这边把自己方的大将给斩了，最重要的一点事袁崇焕事先没有向朝廷汇报这个事情，属于私斩大将，而且最意思的事情他给崇祯上折子的时候说的是我以收复皮岛地区，崇祯心想皮岛是毛文龙的地盘啊，你去收复个什么劲啊。而且虽然给你尚方宝剑了，那一般是杀一些小将军没问题，像毛文龙这种大将，袁崇焕是杀不了的。袁崇焕也觉得这个事干的有点过了，于是向朝廷请罪，但是人都杀了崇祯能说什么呢。于是说你袁崇焕不是说五年复辽吗，我看你的表现，这个事情就算了，辽东还是你说的算。但是这个事情逐渐发酵，毛文龙的死让他的部将孔有德，耿精忠，尚可喜背叛了明朝投降了后金，使后金军的实力大增，因为这帮人掌握了制造红衣大炮的技术