皇太极知道要想征服蒙古，必须先打败察哈尔林丹汗。但是蒙古不是林丹汗一个部落，所以皇太极对其他的部落是或拉拢，或联姻，或征服，或劝诱，瓦解林丹汗控制的蒙古各部。皇太极也把他老爹的联姻的能力发挥的是淋漓尽致，他的五大正妃三个都是出自蒙古的科尔沁蒙古，一个是他的原配孝端文皇后哲哲，还有宸妃海兰珠，在一个就是我们比较熟悉的清朝开国的女政治家孝庄文皇后布木布泰，其中海兰珠和孝庄还是哲哲的侄女，也就是说姑侄三个都嫁给了皇太极。咱也不知道当时这是什么辈分，可能是当时不讲这个吧。
扫清了皇太极精心布置的其他部落的问题，这个林丹汗也是不知道天高地厚的主，因为他是成吉思汗黄金家族的后代，为了统一蒙古想学习他的祖先成吉思汗，他得罪了不少的蒙古王公贵族，于是外围的部落，纷纷投向了后金的怀抱，皇太极一看时机成熟了，1628年皇太极两次征讨林丹汗，打得林丹汗是丢盔弃甲，狼狈不堪，林丹汗是边跑边扔，皇太极跟着屁股后面一路是边追边捡，军力又扩充了不少，这才叫以战养战。1636年的夏天，最后林丹汗由于每日纵情享乐再加上让皇太极打得也是比较郁闷于是在甘肃隔壁的大草滩上去世了。
皇太极这时候派多尔衮去林丹汗的继位者额哲，最后多尔衮兵不血刃，额哲投降了后金，说向后金称