海军的六个舰队也开始重新划分，每两个小舰队组成一个中型舰队，三个中型舰队分别驻守东瀛、大明沿海港口、南洋地区，海军也由五军都督府管辖。
骑兵也进行了重组，每两万骑兵组成一个骑兵军团，共计八个军团，其中四个军团负责防守四个自治区，还有一个军团坐镇四个自治区中央以防不测，西域地区还有一个军团驻守，剩下两个军团则是驻守在大明帝都濮阳。
大明九个统帅中，卢植属于养老人员，基本上很少插手军事，姜维隐退，邓艾被降职，只剩下曹真、徐荣、陆逊、关羽、黄忠、周瑜、张辽七人。
这七人中，关羽黄忠都是要跟随李旭走的，所以也不能算在内，李旭又提拔了一批在统一战争中，表现很出色的将领加上其余四个统帅，组成五军都督府。
被提拔的将领中，陆军中有：高顺、夏侯惇、夏侯尚、曹休、魏延、鲁肃。
骑兵中有：赵云、曹纯、曹洪。
海军中有：太史慈、凌统、周泰。
五军都督府是由陆军最高统帅部、骑兵统帅部、海军统帅部、卫戎司令部、斥候通讯部组成。
大明的军政彻底分离，全国军队将由五军都督府管辖，军事战争、布局规划、人员调遣、人员升迁、战功统计、人员考核都由五军都督府管理。
具体的任务就是哪里发生战事就由哪个统帅部管理，如陆地有战事就由陆军最高统帅部负责，海战由海军统帅部负责，卫戎司令部负责全国城防问题，斥候通讯部负责消息传递和统计。
如果发生战事，斥候通讯部会把消息传到相关统帅部，由相关统帅部根据战事规模大小，决定调遣多少军队？调遣哪些部队？由何人统帅？战争怎么打？打到什么程度？
他们会制定详细的战略，然后上报皇帝和内阁，等批复以后开始执行，然后内阁会派兵部为开拔的军队发放军用物资。
这样下来，军队的权力被一分为四，各军团都督掌控兵权，五军都督府掌控指挥权，内阁和皇帝掌控驳斥权和同意权、兵部掌握后勤权。
这样虽然有时候会出现延误军