与此同时，雷核之眼上的刘清影等人焦急万分，想尽办法联系先遣小队却毫无回应。就在众人准备强行突破力场时，力场突然打开，先遣小队的侦查舰安然无恙地驶出。李明浩激动地汇报：“我们发现了一个高等文明留下的知识宝库！里面存储着海量关于宇宙起源、能量操控和文明演进的信息，而且这个文明似乎知晓宇宙中所有潜在的危机，还留下了应对之法。”
舰队立刻进入这片区域，科学家们迫不及待地开始解析这些知识。他们发现，宇宙中存在着多个类似之前能量风暴的隐患，而这些隐患的根源，是宇宙诞生之初的一次失衡。为了防止灾难再次降临，舰队决定依据这些知识，对宇宙中的关键能量节点进行调整。
在调整一个位于星系核心的能量节点时，舰队遭遇了一群神秘的机械生命体的阻拦。这些机械生命体全身散发着幽蓝色的光芒，它们的攻击手段极为独特，能将周围的物质瞬间分解成能量，然后吸收利用。刘清影迅速指挥舰队展开防御，同时尝试与它们沟通。经过多次尝试，舰队终于得知，这些机械生命体是守护这个能量节点的“卫士”，它们误解了舰队的意图。
在舰队解释清楚目的后，机械生命体不仅不再阻拦，还加入了他们的行动。在多方协作下，能量节点的调整工作顺利完成。可还没等舰队松口气，新的危机接踵而至。宇宙中出现了一种能吞噬文明的黑暗迷雾，所到之处，文明的光芒逐一熄灭，无数星球陷入死寂。
探索舰队联合星际共生网络的各个文明，以及新结识的机械生命体，共同研究对抗黑暗迷雾的方法。他们发现，黑暗迷雾对一种特殊的高频能量波十分敏感。于是，各个文明开始改造自己的武器系统和能量发射装置，使其能发射这种高频能量波。
当黑暗迷雾来袭时，舰队和各个文明组成联合防线，共同发射高频能量波。在强大的能量攻击下，黑暗迷雾的扩散