此后元军开始着手消灭南宋的残余势力，直到忽必烈65岁这一年，宋元双方在崖山外海进行了最后的海战，史称崖山之战，宋军战败，南宋至此灭亡，正式实现了自唐朝以来的又一次大一统。
在攻克襄阳的同时，忽必烈还因为小日子当时的执政者北条时宗不肯向自己臣服而发动了中日战争。他任命征东元帅忻都统帅蒙汉军2万人，连同高丽军1万人，乘300艘战船和500艘小艇，从高丽南部海岸的马山起航，跨越了50km海面到达了对马岛。
对马岛历来就是从大陆攻击日本的踏脚石，乃是兵家必争之地。在岸上蒙古人痛击了小日子武士，鲜血染红了海水。虽然小日子凭借着武士精神进行了顽强的抵抗，但是蒙古军队在战斗力和战术方面都远远高于小日子。
加上威力强大的火药武器震天雷，很快便取得了战斗的胜利。蒙古人常胜水下50km外的下一块踏脚石一岐岛，在那里小日子遭遇了同样的结局。
拿下一岐岛后，蒙古舰队来到了由博多城控制的海湾内，也就是今天的小日子福冈。忽必烈的军队在海上如入无人之境，轻而易举地便在海滩成功登陆。
在战斗中小日子第一次遭受到了爆炸武器的攻击。而乱无章的防御和匹夫之勇使得蒙古人突破自如，很快便向内陆纵深渗透，烧毁了许多附近的村子。
然而蒙古人虽然在战场上压制住了小日子，但却不擅长山地作战，无法突破九州岛崎岖的地形，进入九州腹地。
加上主帅刘复亨重剑受伤，蒙古人只能暂时撤回船上，小日子则逃离海滩避难，躲在首府太宰府内。就在蒙古人计划第二天如何向小日子发动进攻的时候，天气变得越来越坏，当夜意外到来的台风刮翻了蒙古军队200多艘战船，多人溺亡。忻都只好率领剩余船只撤退回国。
在征服南宋之后，65岁的忽必烈于1280年春发动了对小日子的第二次战争。元军这次入侵小日子的规模要远远大于第一次，兵力达到了15万之多，大小船舶近5000艘。
可战争的结果却出乎所有人的预料。为了凑齐足够多的战船，忽必烈要求高丽国王在半年的时间内为他造好2000艘战船，否则就要兴师问罪。高丽王只好用