39岁这一年，朱元璋去世，时年22岁的皇太孙朱允炆登基，改元建文，史称建文帝。建文帝对周王十分忌惮，刚登基不久，迫不及待地下旨将朱棣的堂兄周王废为庶人，流放云南。紧接着又连废带降齐、湘、代、岷四王，其中襄王不愿被建文帝羞辱，竟引火自焚。
建文帝大为震怒，给襄王赐了一个恶谥。晋文帝如此作为令宗室诸王都寒了心。朱元璋所设想的九大塞王互相钳制也落了空。
40岁的燕王朱棣以清君侧之名起兵造反，史称靖难之役。诸王都作壁上观，等待这场皇室内战决出最终的胜者。面对久经战阵的朱棣，一直在读圣贤书的建文帝显然是没有什么军事经验的。而明朝开国名将早都被朱元璋清洗得所剩无几。
建文帝先是找到了老将耿炳文去讨伐燕王。没想到却在真定被朱棣打了个大败，耿炳文转攻为守，而建文帝却等不及命令耿炳文回朝，派曹国公李景隆率50万大军前去讨伐。
这个李景隆的来头可是大的很，他的父亲李文忠是朱元璋的亲外甥，是仅次于徐达、常遇春的开国名将。李景隆作为将门之后，在朱元璋晚年深受器重，是当时冉冉上升的一颗新星。
然而李景隆在靖难之役中却是颜面扫地，成为了世人的笑柄。
当朱棣得知李景隆率50万大军北上时，直接把北平城交给了王妃和世子，自己则带兵去宁王那里借兵。燕王妃也不愧是将门虎女，动员城中老幼趁着天气严寒往城墙上浇水，使北平变成了一座冰城。
而朝廷大军都是南方人，因为水土不服，缺少御寒衣物，不仅攻不下北平，而且冻死冻伤者甚多。等到朱棣借兵归来时，朝廷的50万大军已成强弩之末，李景隆匆匆排兵列阵，结果不出意外的被朱棣击溃，全军覆没，留下粮草辎重无数。
经此大胜后，朱棣志得意满，自认为天下无敌，王位近在咫尺。没想到在南下进攻济南时被铁铉和盛庸挡了回去，在东昌之战遭遇一生之中最大的失败，大将张玉战死，朱棣痛哭流涕。
在此之后，朱棣与朝廷围绕着山东进行拉锯，僵