朝廷前期的军户制度，让朝廷有了稳定的兵员，这些士兵平时不用朝廷供养，自己耕种养活自己，节约了朝廷的军费开支，再加上世代从军，兵员的素质也能够得到一定的保证。朝廷初期大规模对北方用兵，让军队得到了锻炼的机会，让朝廷还能够保持战斗力。
虽然早期的军户制度带来了稳定的兵员，但是到了朝廷中期，军户制度面临了几个大的挑战。
在朝廷各王爷内斗中。朝廷几十万精锐部队全部葬送，造成了京城兵力的空虚，之前的卫所军精锐被消耗掉了。一时间各地勤王的军队难以在短时间内招集足够的兵力，于是只能是重金悬赏临时招募大军来救驾，就这样募兵制慢慢的登上了朝廷的舞台，因为募兵的待遇比卫所兵好，这样长期对比，增加了军户卫所兵的逃亡和厌战，对朝廷实行的军户制形成了一定的挑战。
其次是朝廷财政不足。到朝廷中期，皇室的人口增加，再加上土地被地主阶级兼并，税收持续减少，这给朝廷带来了巨大的财政压力。这时候本来承诺给军户的免租也取消了，朝廷不停地给军户加税，各种名目的税收压榨着底层的军户们。悲惨的军户家庭除了要出壮丁当兵以外，不仅要种地养活自己，还需要不停地缴纳各种名头的赋税，这种做法严重伤害了军户的积极性，他们所承受的压榨比的民户还要高很多。本来为朝廷服兵役，做出了巨大贡献的军户家庭应该被尊重优待，最后却成了社会的最底层，加速了军户的崩溃。
再次是军户地位低下。一旦一个家庭成为军户，那这个家庭就世世代代成为军户，家里人经商和考科举都受到了限制，就算是跟其他人通婚，也无法改变军户的地位。而且很多卫所的所在地作为屯田区，是很荒凉的，世世代代在这种地方生活，也打击了军户们的积极性。到了朝廷后期，这些卫所的长官，也加大了对卫所军户的欺压，他们将辖区内的军户看做自己的私有财产，平时除了