连续两个赛季的失败，让巴萨开始了彻底的改革，里杰卡尔德和罗纳尔迪尼奥相继离开。
在小罗离开后，梅西获得了象征球队核心的10号球衣。
在2008年7月，梅西以780万欧元的年薪签下新合同，成为俱乐部收入最高的球员。
2008年，梅西再次获得金球奖亚军和国际足联年度世界足球先生奖亚军，两次都败给了c罗。
2008-09赛季，梅西在51场比赛中攻入38球，与埃托奥和亨利一起在所有比赛中贡献了100个进球，创下了俱乐部当时的纪录。
2009年5月2日的国家德比中，梅西梅开二度，帮助球队以6-2的比分大胜皇马，取得了队史上在客场的最大比分胜利。
5月27日，欧冠决赛对阵曼联，梅西头球破门，帮助球队2-0取胜夺冠。
巴萨由此成为了西班牙足球史上的第一个获得联赛、国王杯、欧冠冠军的三冠王。
梅西也以9个进球成为了欧洲欧冠历史上最年轻的的最佳射手。
2009年，22岁的梅西生涯首次拿下金球奖和世界足球先生，并荣膺欧足联俱乐部足球先生。
拿奖拿到手软的梅西，在赛季结束后再次与巴萨签署了一份新合同，合同的买断条款达到25亿欧元，而薪水增加到1200万欧元。
2009年8月在赢得西班牙超级杯和欧洲超级杯后，巴塞罗那在12月19日战胜拉普拉塔大学生队又赢得了世俱杯，巴塞罗那成为第一支实现六冠王伟业的俱乐部。
梅西和巴萨都进入了自己的巅峰期，一时间称霸整个足坛，独孤求败。
2009-10赛季，梅西在所有比赛中一共打进47球，追平了罗纳尔多在1996-97赛季创造的俱乐部纪录，其中在联赛中以34个进球夺得西甲金靴和欧洲金靴。
个人再次荣膺国际足联金球奖。
2010-11赛季，梅西在所有53场比赛中一共打进53球，送出23个助攻，以18个助攻成为西甲助攻王，在国王杯中以