为了加强保护，徐闻珊瑚礁保护区实施了“日常巡查和联合执法”模式，与当地市、县政府多个主管部门合作，逐步清理历史遗留的养殖作业问题。保护区工作人员深入各村委会进行宣传，提高当地群众对珊瑚礁的保护意识。2021年前10月，管理局共开展了145次巡护，包括115次陆岸巡护和30次海上巡护。在促进当地经济发展与生态保护之间，徐闻珊瑚礁保护区也取得了一定的平衡。当地政府引导渔民发展工厂化养殖、深海网箱养殖和休闲渔业，同时利用珊瑚元素发展乡村旅游。保护区基地内还建有珊瑚馆、标本馆，向社会免费开放。
此外，保护区还探索了人工生态礁的构建，包括珊瑚移植等方法。通过利用珊瑚的无性繁殖，保护区成功培育出了1000株珊瑚，并在海中固定让其自然生长。这一过程需要严格控制水质、温度、光照强度、水流强度、营养盐等要素，以确保珊瑚断枝的生长环境。
为了宣传普及保护好珍贵的珊瑚资源，徐闻珊瑚礁保护区还经常性地举办科研活动进行科学知识的普及宣传。这些科研活动主要包括以下几个方面:1科普教育活动：广东徐闻珊瑚礁国家级自然保护区管理局联合广东海洋大学共同组织了以“保礁护海·共守蔚蓝”为主题的2022年全国科普日活动。在此活动中，珊瑚研究专家为徐闻角尾中学的师生开展了海洋科普知识讲座，介绍了珊瑚的价值、现状及面临的困境，并与师生互动交流。2社区和旅游景点的宣传：研究生志愿者团队走进社区和旅游景点，向居民和游客发放科普读本和宣传单，并在沙滩开展净滩、护滩行动，清理沙滩上的渔网和垃圾。3科学研究项目：徐闻珊瑚礁保护区还参与了基于海洋生态系统的海洋管理（marineecosystem-based management, mebm)视角的系统分析研究。这项研究总结了徐闻珊瑚礁面临的挑战，如海岸线侵蚀、保护区内水质恶化和珊瑚礁破坏等问题，并从生态、经济、社会三个维度深入探讨了珊瑚礁退化的原因。此外，研究还提出了完善海洋综合管理制度、健全