他将大明的军队划分为众多卫所，每个卫所分驻一地，划分大片土地，让军户自耕自足，无需朝廷额外调拨粮饷。这一制度的好处在于寓兵于农、守屯结合，军户们可以自给自足，看似完美无缺。
然而，老朱出身卑微，虽有过人的才智，却缺乏长远的眼光。
李祺在奏章中委婉地指出了卫所世袭制度的弊端。
老朱的初衷虽好，但时移势迁，一切都在变化。
军户制度下，曾经能征善战的雄兵，在天下太平后逐渐沦为耕地的农民，一代、两代过后，这些曾经能打垮北元的精锐，彻底变成了只会种地的老实农民。
更糟糕的是，军户们不能从事其他行业，只能世代为兵，随着军户人口的膨胀，土地却始终有限，导致军户生活日益贫瘠，历史上到了弘治朝时，军户制度已基本崩坏，军户们连吃饭都成问题，更别提上阵杀敌了。
此外，卫所军官世袭制度使得军户们饱受百户、千户的剥削。这些军官不仅侵占卫所田地，还将军户当作奴隶般奴役。
各地卫所军制世袭，将佐世袭将佐，兵士世袭兵士，底层军士待遇微薄，每月仅一石禄米，还要忍受上层军官的盘剥。
军屯作为军饷来源，大多被军官侵占为私产，甚至奴役底层军士为其耕种。
粮饷不济，役占严重，士兵大量逃亡，到了大明中期，缺额竟达到了惊人的六七成！
六七成！这是什么概念？
一个满额编制五千人的卫所，实际只剩下一千五百余人，六七成的兵士逃亡，卫所形同虚设，如何抵御大明中期日益猖獗的北虏南倭？
北虏倭寇日益猖獗，兵士数量锐减，士气低落，战斗力严重下降；士兵们衣食无着，纪律涣散，军官不知作战，只知道盘剥士兵，官兵之间视若仇敌，可谓“无用之将统无制之兵”。
如此情形，大明一旦遭遇外敌，该如何应对？
明初那支可以征战四方的百万雄兵，因军户制度的弊端，战力直线下滑。到了土木堡之变时，明军大败，除了某些说不清的原因外，军户制度下军队战斗力低下也是重要原因，那时的明军，早已不是朱元璋、朱棣时代征战四方的强军，而是一群临时拿起武器的农民，指望他们打赢鞑