但即便如此，尼采却无法解释一点：那就是帝皇为什么要这么做，他为什么要针对第二军团。
由于无法自圆其说，同时，以马歇尔为首的老战士对帝皇的敬仰不可撼动，尼采最终被判为有罪，他和他最坚定的支持者通通被处以流放之刑，这支【失落舰队】就此离开了第二军团的主力，向着银河东北部前进。
【失落舰队】具体有多少阿斯塔特还是一个未知数，但是在它离开后，马歇尔不得不紧急征兵，包括赫克特在内的一批新兵就是这个时候入伍的。
此时，第二军团的人数只有一万到一万五千人左右，而同样在此时，大远征已经开始了五十多年，阿斯塔特战士的总人数已经达到了六七十万人。
【失落舰队】是第一批向帝国汇报冉丹异形二次入侵的帝国军队之一，而尼采本人则是在一次与冉丹的遭遇战中阵亡，但他的追随者们拒绝了回归的命令，他们选出了新的领袖，开始在帝国的边缘区域不断地战斗与探索。
而接下来的会议中，马歇尔试图弥合军团的最后努力也失败了，他不得不拆分了军团，公平的分成了几个舰队，同时向他们下达了三条命令：
一，竭尽全力的完成帝国与帝皇发布的命令，证明第二军团的忠诚与价值。
二，竭尽全力的扩大自身，招募新的士兵与战士，保证军团的存续。
三，尽可能的寻找到原体，因为只有原体的力量与地位能够解决军团的问题。
最终，这个曾经辉煌的军团迎来了自己的分裂，马歇尔率领着军团的主要力量与秘密武器库跟随在荷鲁斯的身边，而分散出来的舰队们则是奔赴了各个战场，其中有一支开往了银河东北部，那里正爆发着全银河最惨烈的战争。