衙门、官员，终究还是吏部的事，吏部不能推脱。
吏部尚书杨巍低身奏报，“回禀陛下，在福建，市舶司先后在泉州府、福州府设立，后因倭寇袭扰频繁而废除。”
“海防馆自隆庆年间在月港设用，至今仍在理事。”
“既然以福建为试点，全面开海，莫不如在临海的福宁州、兴化府、泉州府、漳州府，皆设立海防馆，在福州府设立市舶司，总理福建开海关事。”
“将原月港海防馆的发放船引的职权收归市舶司，凡是福建出海之船，皆由福州市舶司发放船引。”
“各地海防馆，负责出海船队的船引核查，收税，核对航海路线、日期、出海人员，以及检查船队中是否夹带有违禁之物。”
朱翊钧点点头，“可。市舶司总理开海关事，给关防，各海防馆不给关防。”
吏部尚书杨巍接着奏报，“原海防馆之官员由福建各府衙的佐官员轮流充任，今新增三处海防馆，若是还靠福建各府衙的官员充任管理，怕是人手不足。”
朱翊钧觉得这倒是个建立现代海关的契机，“那就不要再用当地府衙的官员了，全部由吏部选派。”
“至于官员品级及官职名称，各海防馆皆设推官主理，正七品；设督饷主簿一人，负责征税，船政主簿一人，负责核查出海船队，皆为正九品。另配备饷吏、书吏，和一百名兵丁。”
“市舶司照旧例，设提举、副提举，以中官为总管。”
朱翊钧设置的海防馆，全都是按照隆庆年间那一套来的，只是更为细化。
隆庆开关后，以漳州府月港的海防馆负责民间船队事宜，直到万历二十二年，为了防止海防馆官员与当地海商勾结，故从福建各府中轮流抽调官员前往月港督饷，海防馆也因此更名为督饷馆，专职负责对外贸易。同时，配置专职的税务官。
除此之外，明朝还先后颁行了相关的税务法规。
隆庆开关，虽然只开了漳州府月港这一处，但意义重大，因为海防馆(督饷馆)这一整套管理机制，可以说是海关的雏形。
海防馆，万历二十二年更名为督饷馆，一直存在，直到明朝灭亡，但就明末那种情况，督饷馆已经是形同虚设。