【被称为华夏海盗祖师爷的孙恩在起义之初，他所率领的海盗军团可谓是所向披靡，使得朝野震惊。
于是东晋朝廷连忙派遣谢琰、刘牢之前往镇压，谢琰乃是东晋门阀世家谢氏出身，他老爹在历史上相当的有名。
唐朝时期房玄龄在《晋书·谢安传》中写道：“隐居会稽东山，年逾四十复出为桓温司马，累迁中书、司徒等要职，晋室赖以转危为安。”
这就是东山再起这个典故的由来。而被称为“江左风流宰相”、“江左百年肇基者”的谢安自然留下的典故很多。而谢安一生之中最高光的时刻，就是淝水之战率领北府军以八万大胜前秦皇帝苻坚百万大军。
刘牢之，则为淝水之战中大破前秦的北府名将，也是北府军宿老、北府军创业合伙人。
而如果一个人，能跟着这两位大佬混，毫无疑问是前途无量的。
因为老领导孙无终的荐举，刘裕转入刘牢之的麾下，担任参军。
十二月，刘牢之率部抵达吴地，派刘裕领数十人侦察义军的动向。不巧碰上数千义军，刘裕率众迎战，在随从战死大半的情况下仍手舞长刀，酣战不止。后来，刘牢之的儿子刘敬宣及骑兵主力相继前来，起义军溃退，刘裕乘胜收复山阴。孙恩逃回海上。
隆安四年五月，孙恩攻克会稽郡，杀死谢琰。十一月，刘牢之再次领兵东征，孙恩败退。刘牢之驻扎上虞，派刘裕戍守句章城。句章城矮小，士兵又不到数百名，刘裕常常披坚执锐，身先士卒，每战都冲锋在前，起义军这才退回浃口。
隆安五年春，孙恩频繁进攻句章城，每次都被刘裕击败。
十一月，刘裕在海盐再度击破孙恩。自此，他三战三捷，俘虏义军数以万计，而义军遭遇“饥馑疾疫”，死亡过半，从浃口撤至临海。
在转战三吴的几年中，刘裕屡充先锋，每战挫敌，其军事干略得到初步显露。他不仅作战勇猛，披坚执锐，冲锋陷阵，且指挥有方，富有智谋，善于以少胜多。当时诸将纵兵暴掠，涂炭百姓，独有刘裕治军整肃，法纪严明。他率水军继续追讨孙恩，孙恩畏惧被擒，于是在临海（治章安）投海而死。
可谓是“孙刘之争”再起。