永安元年（304年），司马衷受到司马颙的威胁越来越大，因此下密诏给刘沈和皇甫重攻司马颙，但没有成功。司马颙的军队在洛阳大肆抢劫。二月，废皇后羊氏和皇太子司马覃，立司马颖为皇太弟。司马颖和司马颙专政。但六月，京城又发生政变，司马颖被逐，羊氏复位为皇后，司马覃复位为太子。七月，司马衷率军讨伐司马颖，在荡阴被司马颖的军队打败，司马衷面部中伤，身中三箭，被司马颖俘虏。羊氏和司马覃再次被废。八月，司马颖被安北将军王浚战败，他挟持司马衷逃亡到洛阳。一路上只有粗米勉为饭食。十一月，司马衷又被司马颙的将军张方劫持到长安，张方的军队抢劫皇宫，将皇宫内的宝藏洗劫一空。到年末，司马颙再次在长安一揽大权，司马越成为太傅。同年李雄在成都称成都王，成汉建国，刘渊自称汉王，建立前赵。
有一年夏天，晋惠帝司马衷与随从到华林园去玩。他们走到一个池塘边，听见里面传出咕咕的青蛙叫声。司马衷觉得很奇怪，于是便问随从这些咕呱乱叫的东西，是为官或是为私的？随从就说：“在官家里叫的，就是官家的；若在私家里叫的，就是私人的。”
又有一年闹灾荒，老百姓没饭吃，到处都有饿死的人。有人把情况报告给司马衷，但司马衷却对报告人说：“没有饭吃，他们为什么不吃肉粥呢？”报告的人听了，哭笑不得，灾民们连饭都吃不上，哪里来肉粥呢？由此可见司马衷是如何的愚蠢糊涂。
永兴元年（304年）初，在朝廷内任职司空的东海王司马越乘司马乂军疲惫，勾结一些禁军将领，夜里捕获司马乂，将其交给了河间王司马颙的部将，结果司马乂被火烤而死。司马颖在朝野向来有威望，而且军事实力强，入洛阳后被增封二十郡，拜丞相。河间王司马颙也官升太宰，东海王司马越为尚书令。司马颙上表认为司马颖应该成为皇位继承人，过后废除皇太子司马覃，以司马颖为皇太弟，丞相位置不变。
永兴元年（304年）七月二十四日，石超的军队突然杀到，司马衷的军队在荡阴大败，晋惠帝司马衷脸部受伤，中了三箭，百官及侍卫人员都纷纷溃逃，只有嵇绍穿着朝会时的礼服，下马登上司马衷的车驾，挺身保卫天子，石超的军士把嵇绍拉到车辕中要砍杀。司马衷说：“这