在不断变化的海洋环境下，鰕虎鱼也面临着巨大的挑战。全球变暖导致的海洋温度升高以及海平面上升，对鰕虎鱼的生存环境产生了影响。水温的改变，可能使某些鰕虎鱼栖息地的食物种类与数量发生变化。例如，它们赖以为生的小型甲壳类动物和幼鱼可能会因为不适应水温而迁移到其他地区或者数量锐减。海平面上升导致的河口地区咸淡水交界区域的变化，也使得部分原本生活在河口泥滩的鰕虎鱼不得不寻找新的栖息地。而且，人类在海洋中的活动也影响到了鰕虎鱼。过度的渔业捕捞、沿海地区的工业污染和各种填海工程破坏了鰕虎鱼的产卵地。那些能将卵黏附在海边的礁石、珊瑚礁和泥沙上的鰕虎鱼，由于礁石被炸碎用于建筑材料，珊瑚礁因为海水污染和过度采挖而变得稀疏，它们的繁殖变得更为艰难。
然而，鰕虎鱼也展现出了一定的适应能力。由于它们有着广泛的分布范围，某些地区鰕虎鱼的种群遭受打击后，其他分布区域的鰕虎鱼可能有机会迁移过来重新构建种群。而且，鰕虎鱼短的性成熟期也使得它们能够在相对有利的环境中迅速增加种群数量。那些在淡水中繁殖的鰕虎鱼种类，在它们溯河洄游的过程中，可能发现一些之前未曾涉足的河流或支流成为它们新的避难所，如果这些新的环境比较适宜生存与繁殖，无疑为鰕虎鱼的种群延续开辟了新的希望。
在科学研究领域，鰕虎鱼也成为了重要的研究对象。它们奇特的繁殖性转变现象成为了研究鱼类性激素调节机制的良好素材。科学家们通过对鰕虎鱼的研究，试图了解在何种基因调控下使得部分雌鱼会转变为雄鱼，这对于整个鱼类学乃至生物学领域研究性别的决定以及转变有着重要的启示意义。而且，鰕虎鱼适应多种环境的生理特征也吸引着众多研究者，比如它们在咸