此事过后，楚瑶和林羽成为修仙界敬仰的对象。一天，楚瑶在医馆救治一位重伤患者时，发现他身上有一种奇特毒素，这种毒素似是人为所致。楚瑶和林羽深入调查，发现是一个隐藏极深的暗黑组织正在暗中收集强大修仙者的力量。
他们立刻通知各大门派共同对抗。战斗中，楚瑶利用医术解毒救人，林羽则冲锋在前。暗黑组织虽阴险狡诈，但在众修仙者齐心之下渐渐败退。最终，楚瑶找出幕后主谋，竟是一位曾经追求她不成而心生怨恨的修仙者。
这位修仙者被揪出后，满脸狰狞，口中不断诅咒着楚瑶。林羽愤怒地拔剑欲斩，楚瑶拦住了他，叹道：“念在昔日相识，饶他一命，废去修为即可。”那修仙者被废功后，灰溜溜地逃走。
经此一役，修仙界迎来难得的和平时期。楚瑶和林羽也决定暂离喧嚣，闭关修炼。闭关之地选在一处幽静山谷，四周设有禁制。
数年后，两人出关，实力更进一层。此时的修仙界却面临新的危机，天地灵气莫名紊乱，许多低阶修仙者受不住暴乱的灵气，纷纷走火入魔。楚瑶和林羽主动担起责任，四处奔走探查原因。
他们发现是远古封印松动，放出了一股混沌之气。这股气息扰乱了灵气秩序。两人携手进入封印之处，历经重重危险，找到了源头。楚瑶施展妙手医术，林羽以绝世剑招辅助，重新加固封印。
解决完灵气危机后，楚瑶和林羽在归途中遇到一位老者。老者身受重伤，楚瑶急忙施救。老者醒来后，赠予他们一颗种子，称此种子种下后可生长出能净化灵气的灵树。楚瑶和林羽大喜，赶忙回到楚家将种子种下。
灵树成长迅速，散发的清气逐渐平复周边的灵气。然而，树大成荫之时，却引来了天庭使者。原来这灵树本是天庭之物，不慎流落凡间。使者欲将灵树收回天庭。楚瑶据理力争，阐述修仙界的需求。林羽也表示愿以宝物交换。使者犹豫片刻后，上报天庭。天庭有感于楚瑶和林羽对修仙界的付出，允许灵树留在凡间，但需每年进贡灵果若干。
此后，楚瑶和林羽精心照料灵树。灵果成熟后，按照约