但是，在建造结构体的过程中，黑暗身影察觉到了他们的计划，开始不断地攻击古老文明和结构体。每一次攻击都给古老文明带来了巨大的损失，许多优秀的科学家和战士在战斗中牺牲。尽管如此，古老文明依然没有放弃，他们坚持完成了结构体的建造。
然而，在最后一次与黑暗身影的对决中，事情出现了意外。结构体虽然成功地释放出了平衡之力，但黑暗身影却以一种意想不到的方式进行了抵抗。它将自己的一部分黑暗能量注入到了结构体中，试图污染和破坏结构体的能量系统，这就是导致能量球体内部出现失衡和黑色细丝的原因。
“原来如此，我们必须清除这些黑暗能量，修复结构体的能量平衡。” 一名科研人员说道。
但是，要清除黑暗能量并非易事。这些黑暗能量已经与结构体的能量系统相互交织，而且它们具有很强的腐蚀性和自我修复能力。
“我们可以尝试利用净化灵能来逐步清除黑暗能量，但这需要大量的时间和能量。” 另一名科研人员提出建议。
小队成员们开始行动起来，他们围绕着能量结晶体，施展净化灵能。净化灵能与黑暗能量相遇时，发出了剧烈的反应，如同水火不容。在净化灵能的作用下，黑色细丝开始逐渐消散，但新的黑色细丝又不断地从能量球体的深处涌出。
“这样下去不是办法，我们需要找到黑暗能量的源头，从根本上解决问题。” 小队队长意识到问题的严重性。
在对能量球体内部的进一步勘查中，他们发现黑暗能量的源头似乎位于能量球体的核心区域。那里有一个巨大的黑暗能量漩涡，漩涡中不断地涌出黑色细丝，向整个能量球体扩散。
“我们要前往核心区域，关闭黑暗能量的源头。这是一个极其危险的任务，大家做好准备。” 小队队长说道。
队员们朝着核心区域进发，在前进的过程中，他们遭遇了更加强大的黑暗能量攻击。黑暗能量形成了各种恐怖的怪物形状，朝着他们扑来。这些怪物的攻击带有强大的腐蚀性，一旦被击中，防护服的能量护盾就会迅速崩溃。
“不要退缩！我们是联盟舰队的精英，为了宇宙的和平，我们必须战胜这些黑暗力量！” 小队队长高呼，激励着队员