然而，随着联盟规模的不断扩大，管理和协调的难度也日益增加。各文明之间在价值观、社会制度和发展水平等方面存在着较大的差异，这导致在一些问题上容易产生分歧和矛盾。例如，在对宇宙资源的开发和利用上，部分文明追求短期的经济利益，过度开采资源，对宇宙环境造成了一定的破坏。而另一些注重生态保护的文明则强烈反对这种行为，双方在联盟的资源管理会议上产生了激烈的争论。
为了解决这些问题，联盟进一步完善了自身的管理机制和决策体系。联盟设立了多个专门的委员会，分别负责不同领域的事务管理和协调工作。例如，资源管理委员会负责制定合理的资源开发和利用政策，确保资源的可持续利用；文化交流委员会负责促进各文明之间的文化交流与融合，保护和传承各文明的独特文化遗产；科技合作委员会则致力于推动各文明之间的科技合作与创新，共同攻克科研难题。
同时，联盟还