潜入学院废墟的莱娅发现，袭击者竟是一群自称“熵序教团”的狂热分子。他们崇拜熵增为宇宙真理，认为虚数宇宙的发现是重启宇宙的契机。教团首领的机械面具下，是被熵能侵蚀的半透明面孔：“莱娅，你以为拯救那些垂死的宇宙有意义？只有让所有概念回归原始的熵寂，才能迎来真正的新生！”
教团启动了埋藏在学院地下的“熵核共鸣器”，这个装置能将虚数宇宙的熵能导入现实。莱娅带领队员们兵分多路：塑形艺术家负责破坏共鸣器的能量导管，逻辑学者解析控制程序，灵能者则构建防护屏障抵御教团的攻击。莱娅独自深入可能性之树的根系，试图切断它与熵能的连接。
在根系深处，莱娅遭遇了被熵能改造的学院学生。他们的身体呈现出流体状，眼神空洞而狂热。虚实之心在此时展现出特殊能力——它能将被污染的概念体重新解构重组。莱娅含泪将曾经的学生们转化为纯净的能量粒子，这些粒子自发汇聚成光桥，指引她找到树心的异常节点。
与此同时，地面战场的局势陷入胶着。熵核共鸣器即将完成充能，教团召唤出的熵能巨像正在摧毁防御阵线。关键时刻，从虚数宇宙带回的法则共鸣球突然发出耀眼光芒，所有被收集的虚数宇宙法则碎片在空中重组，形成对抗熵能的“法则矩阵”。机械族工程师抓住机会，将反熵水晶嵌入矩阵核心，矩阵化作一道金色洪流，冲向熵核共鸣器。
莱娅在树心发现了教团埋下的“熵种”——这颗黑色晶体正不断向树体注入腐化能量。当她试图拔除熵种时，晶体突然分裂出无数触手，将她拖入一个充满黑暗概念的空间。在这里，莱娅直面了自己最深的恐惧：全宇宙文明在熵寂中消亡，虚实之心破碎成尘埃。但当她看到意识深处闪烁的希望微光时，突然领悟到对抗