医署的最高长官是张仲景，副官是华佗，主要负责医务方面的所有事情，也就是说，刘备辖下的所有医生都归两人的医署管理。
因张华二人所专内外有别，所以分为内医司和外医司以及随军出战的救伤司。
兵署的最高长官是陈震，副官是伊籍，主要负责掌管刘备辖下所有兵员的统计，包括屯田兵、辅兵、战兵、水兵、骑兵等。
此外，还负责打造兵器、战船、铠甲、辎重车等军用物资，本来这些之前是放在工署，后来才划归给兵署。
麾下有船舶司、屯田司、招兵司、参谋司等。
新兵报名参军都要经过兵署，先没入屯田兵，交给夏侯兰和韩浩处理，在屯田的过程中，屯田兵还要进行训练。
等到在屯田营待满两年以上，便可分入战兵营或者辅兵营，就可以开始征战了。
监察署的职责则是监察百官，不仅监察商署这种权力大、油水多，难免会有官吏上下其手的部门。
更监察各司、各郡县的官吏有没有各司其职，有无害民、虐民、愚民或者不作为等行为。
譬如，刘备下发了一个政策，按照路途的长短，如果是在公安周边的郡县，那就要保证他们在半个月之内的时间内知道并了解这个政策。
如果半个月的时间内，经过监察署的走访，民众对于政策并不知道政策或者对于政策的内容并不是很了解的话，那就有乐子看了。
首先是郡守记过一次，县令则是直接入学宫重新修学半年，如果再有下次，郡守和县令一起，修学的时间延长到两年。
如果第三次还这样的话，郡守和县令一块就直接不用出仕了，刘备的麾下再不会用你了。
甚至如果有冤案、重案发生，郡守和县令甚至还有可能有牢狱之灾甚至是杀身之祸！
所以诸葛亮挑选监察署官吏的时候，格外的严格和小心，毕竟如果检察官和寻常官吏同流合污的话，打脸还是小事。
有了这样一个开头，以后就是想按也按不住，好在商署的主官和副官现在暂时还是可以信任的。
再过一段的话，诸葛亮就要分其权柄，将出和入分隔开