“不好，武器无法发射！”各战舰纷纷传来焦急汇报。雷克舰长心急如焚，却保持冷静：“启动备用能源系统，重启武器！快！”在船员们的紧急操作下，备用能源启动，武器系统逐步恢复。
与此同时，神秘旗舰启动了一门巨型能量炮，炮口汇聚出耀眼光芒，强大能量波动让周围空间扭曲。“全体注意规避！”雷克舰长声嘶力竭地大喊。联合舰队战舰紧急转向，试图躲开致命一击。巨型能量炮发射，一道粗壮的能量光束划过黑暗，一艘躲闪不及的战舰被击中，瞬间爆炸解体，火光映红了周围的宇宙。
“为牺牲的战友报仇！”联合舰队的船员们悲愤交加，士气高涨。武器系统恢复后，他们展开更猛烈的反击。艾丽博士喊道：“舰长，我发现神秘旗舰的能量输出核心在底部，只要破坏它，就能彻底摧毁这艘船！”
雷克舰长立刻下令：“集中所有火力，攻击神秘旗舰底部！”联合舰队的战舰迅速调整方向，将所有能量炮对准神秘旗舰底部。一道道能量光束如暴雨般倾泻而下，神秘旗舰的防御系统在密集攻击下逐渐崩溃。
神秘旗舰的舰长见势不妙，企图逃跑。但雷克舰长怎会给他机会，“派出所有舰载机，缠住神秘旗舰，绝不能让它跑了！”舰载机如离弦之箭冲向神秘旗舰，在其周围穿梭攻击，发射出一枚枚导弹。神秘旗舰在舰载机的攻击下，行动受阻。
联合舰队的主力战舰趁机全力输出，能量炮持续发射。神秘旗舰底部的能量核心区域被击中，冒出滚滚浓烟，开始发生连锁爆炸。随着一声巨响，神秘旗舰在耀眼光芒中化为碎片。
失去旗舰指挥，神秘组织舰队陷入混乱。联合舰队乘胜追击，对残余敌人展开清剿。经过数小时激战，神秘组织舰队被彻底歼灭。
解决了舰队，联合舰队开始对神秘组织的太空基地发起进攻。基地的防御系统虽强，但在失去舰队支援后，独木难支。联合舰队凭借默契配合和先进武器，逐步突破基地防线，摧毁了关键防御设施。
雷克舰长带领一支突击队，登上