十月二十五日，以潘和五为首的华人船员决定发动起义。将马尼拉总督戈麦斯杀死。潘和五等华人雇佣兵因不满西班牙士兵对他们的暴虐，近百名西班牙士兵也被华人们一同杀死，潘和五带着二百五十人抢走了西班牙旗舰，分别逃到了越南和中国老家。
西班牙人从此变得不再信任华人，中西双方的矛盾不断加深。
后来万历皇帝派人到马尼拉附近寻金，这一行动引起了西班牙人的恐慌，西班牙人在马尼拉只有一千来人，可是华人在马尼拉足有三万人。一旦万历皇帝有夺取马尼拉的想法，西班牙根本无力反抗。
而且由于西班牙人对华人残暴统治，收取重税等行为，已经引起华人严重不满。
西班牙人认定如果万历皇帝一旦派兵，这些华人必然反叛。
因此西班牙人在中国官员离境后，便立即开始加固城墙，强化马尼拉城的防御，并以将要征讨南边的摩洛人为名，高价收购华人切肉刀具以及各种铁器，打算使华人“无复寸铁”。
八月的一天，涧内唐人街冲进来大批的西班牙士兵、还有马尼拉日本人町的倭人武士和邦邦牙土着，以收缴金属器具为名，大肆洗劫了一些商铺，杀死了几名潮州商人。
华人奋起反抗，几名倭人武士被杀死。
涧内的华人甲必丹（总管）黄康出面安抚众人，并代表众华人去向总督陈情；他回来时声称总督大人保证合法商人的安全，并要求大家把所有的金属器具都卖给干系腊人，黄康甚至愿意替干系腊人高价收购华人切肉小刀。
黄康本人住在涧内对岸的华人基督徒居住区比农多，是个受洗礼的华人天主教徒。而其他不信教的华人见了西班牙人的举动，也打听了西班牙人的计划，心生怀疑，担心遭到西班牙人毒手，加上平时受到西班牙人欺压的华人不在少数，有冤无处申诉，于是一些人开始秘密集会，商讨如何自卫。
1603年九月二十六日中午，人心惶惶