其他的妃嫔见她得宠，更加嫉恨。有些嫔妃暗中使用了胎毒，想置她于死地。卫子夫凄然流产，整个人陷入绝望的低谷。
然而好景不长，因嫉妒，陈皇后设计让卫子夫流产。汉武帝震怒，亲自审问真凶。终于找到了几名嫔妃，将她们全部打入冷宫。陈皇后也在此事中被废，远调外任。
汉武帝重新宠幸卫子夫，对她无微不至地照顾。不久，卫子夫再度受孕，她小心翼翼地保护腹中的骨肉。终于在众人簇拥下，太子刘据平安降生。
太子刘据出生后，卫子夫也如愿以偿地成为皇后。她孜孜矻矻辅助汉武帝处理政事，颇有皇后的风范。朝中百官也对这个明君贤后的出现表示欢迎。
但好景敌不过奸臣。江充因与太子不合，暗中设计陷害太子。他联合几个太子身边心怀叵测的小官，编造谎言诬陷太子谋反。汉武帝认为是太子设下“巫蛊”祸害自己，遂命江充剿灭太子叛乱。
卫子夫与太子刘据也被牵连其中，母子俱遇害。临终前，卫子夫留书给汉武帝诉说冤情，表示自己与太子并无反叛之心。江充则将信纸抢过，只向汉武帝禀报太子已反。得幸入宫。
卫子夫早年作为歌姬被平阳公主养在府中，建元二年（前139年），在平阳公主府中的宴席，卫子夫在给汉武帝更衣时被汉武帝看重，并得到宠幸，平阳公主也因此得到汉武帝的赏赐。平阳公主趁机将卫子夫送入宫中，并希望她富贵之后不要忘记自己的功劳。生子立后。卫子夫入宫后并未及时得到汉武帝的宠幸，在其入宫一年多后汉武帝命令宫中无用之人出宫，卫子夫得到机会见到汉武帝。汉武帝见卫子夫向其哭诉，心生怜爱。卫子夫就此得到宠幸，并怀有身孕，也因此更加得到汉武帝的宠爱。汉武帝第一任皇后陈阿娇，因嫉妒卫子夫受宠怀孕并加害卫子夫与弟弟卫青而被汉武帝厌弃。不久，卫子夫被汉武帝册封为夫人，兄长与弟弟也都得到加封。元光五年（前130年），陈皇后因使用巫蛊之术被汉武帝废除皇后之位。元朔元年（前128年），卫子夫生下长子刘据后，继立为后。
卫子夫共生下三女一子，即卫长公主、诸邑公主、石邑公主