多年以后，艾利克斯他们依然穿梭于宇宙之间，确保黑暗能量不再复返。然而，平静之下暗涌流动。
一日，新生命形态突然发出预警，检测到一股前所未有的强大黑暗能量波动。这股能量不同于以往，似乎融合了某种智慧。
他们赶到源头星球，只见天空乌云密布，黑色闪电交错纵横。艾利克斯看到地面上有一个巨大的阵法，周围聚集着许多被黑暗侵蚀的生物。
原来，曾经被打败的黑暗势力残余联合起来，找到一本古老邪典，学会了操纵更高级黑暗能量的方法。
艾利克斯他们迅速投入战斗。新生命形态进化出新能力，与净化装置结合释放出超强净化之光。神秘种族施展禁术增强众人实力。
经过一番激战，艾利克斯冲进阵眼，破坏了邪典。失去支撑的黑暗能量慢慢散去，被侵蚀的生物恢复正常。
从此，艾利克斯他们继续守护宇宙，而宇宙也迎来了长久的和平岁月。
数百年过去了，艾利克斯他们的事迹变成了传说。然而，年轻一代的探险者们偶然间在一个废弃星球发现了那本古老邪典的残页。邪典虽残破，但残留的黑暗力量还是影响了其中一人。他偷偷研究残页，妄图获得强大力量。不久后，宇宙中一些偏远星球开始出现诡异现象。艾利克斯他们察觉到不对劲儿，重新集结。
调查后发现是那年轻探险者搞的鬼。他利用残页吸引黑暗力量，制造出一些新型黑暗生物。这些生物不仅拥有实体攻击能力，还能传播黑暗思想。艾利克斯他们面对新的挑战并没有退缩。新生命形态再次进化，能够探测黑暗思想来源并加以屏蔽。
他们制定策略，由神秘种族正面牵制黑暗生物，艾利克斯带领守护者悄悄接近那名探险者。最终，艾利克斯成功夺下残页并用净化装置销毁。那些新型黑暗生物失去根源，在净化之光下灰飞烟灭。此后，艾利克斯他们更加谨慎，在宇宙各处设置监控，防止再有类似事件发生，宇宙再度回归安宁。