艾利克斯以为一切就此结束，正打算回基地好好修养。然而，几天后，城市中的一些人开始莫名失踪。艾利克斯拖着尚未完全恢复的身体，和队友一起调查此事。他们发现这些失踪事件都发生在夜晚，而且事发地点附近都有一种奇特的花香。顺着花香追踪，他们来到了城郊的一片废弃花园。
花园中心有一口古井，那股花香正是从古井中飘出。艾利克斯感觉到一股熟悉的黑暗气息。他往井下望去，只见井底隐隐约约有光亮闪烁。艾利克斯不顾队友阻拦，沿着井壁爬了下去。
井底是一个巨大的洞穴，洞穴中有一个祭坛，失踪的人都昏迷在祭坛周围。此时，之前那股黑暗力量的声音响起：“你以为这么容易就能摆脱我？这些人将成为我的新载体。”艾利克斯明白，这是黑暗力量残留的阴谋。他拿出从遗迹带出的一块小型机械装置，这个装置可以短暂增强晶体的力量。艾利克斯启动装置，冲向祭坛，在晶体的光芒照耀下，黑暗力量再次被压制，失踪的人也逐渐苏醒，这场新的危机总算化解。
艾利克斯以为这次真的彻底消灭了黑暗力量，他回到基地开始调养身体并总结这段时间的经历。可是没过多久，各地陆续报告出现一些奇异现象，天空中偶尔会闪过一些神秘符文。艾利克斯意识到事情远没有结束。
他和团队经过一番研究，发现这些符文与之前遗迹中的古老文明有关。他们猜测是不是之前的净化并不彻底，引发了某种连锁反应。于是他们决定再次追寻根源。
根据线索，他们来到了一片古老的森林。在这里，他