联合调查组先是对东欧地区的一些合法科研机构进行了暗中排查，一方面是为了避免引起怀疑，另一方面也是想看看能不能从这些正规科研机构中发现一些与那个神秘地下科研机构有关联的线索。在排查过程中，他们发现有几家科研机构的一些科研人员近期的行为有些异常，比如频繁出入一些偏僻的废弃工厂或者仓库，而且对外界的询问总是遮遮掩掩，态度十分可疑。
林宇决定对其中一家可疑程度较高的科研机构进行重点调查。他们安排卧底警员，设法混入这家科研机构内部，收集情报。经过一段时间的潜伏，卧底警员终于传来了一条重要线索。原来，这家科研机构的部分科研人员确实与那个地下科研机构有勾结，他们会定期将一些从合法渠道获取的科研设备和实验材料偷偷转运到地下科研机构，为 “末日改造” 项目提供支持。
根据卧底警员提供的转运路线和时间信息，联合调查组决定在一次转运过程中进行拦截，试图通过追踪运输人员，顺藤摸瓜找到那个地下科研机构的具体位置。
在一个深夜，调查组提前在预定的转运路线上设下了埋伏。当一辆装满实验设备和材料的货车缓缓驶来，进入埋伏圈后，林宇一声令下，队员们迅速出击，将货车团团包围，司机和随车的人员还没来得及反应，就被制服了。
林宇走上前，亮出证件，严肃地对他们说：“你们最好老实交代，这些东西要运往哪里？那个地下科研机构在什么地方？别抱有侥幸心理，我们已经掌握了你们的犯罪证据。”
起初，那些人还拒不交代，妄图装傻充愣，但在林宇他们出示了一些前期收集到的间接证据后，其中一人的心理防线逐渐崩溃，终于交代了实情。他们承认这些物资确实是要运往那个地下科研机构，并且透露了地下科研机构的大致位置，就在距离此地几十公里外的一处废弃军事基地地下。
得知这个消息后，联合调查组不敢耽搁，立刻朝着那个废弃军事基地赶去。当他们到达基地附近时，发现这里戒备森严，虽然表面上看起来已经荒废，但周围却有不少暗哨在巡逻，基