设立“擒夷赏格”：击沉敌舰一艘赏银百两，生擒荷兰船长者升职。同时严惩违令者，
张好古对于船队配置与分工。提出了分级指挥体系。
大船长统管主力战船，下设副船长管鸟船，哨船长负责侦察。每船配通事、火长、舵工等专职人员，形成完整指挥链。
对于特殊人才任用张好古也做了重要指示。
花重金招募擅长天文导航的伊斯兰学者（如泉州蒲氏后裔）担任导航官，延续郑和时期“阴阳官”制度。
张好古对郑琦的教导可谓是无微不至，他不仅亲自示范，还详细地讲解每一个步骤和要点。对于水军的成立，张好古寄予了极高的期望，他深知这支力量在未来的发展中将起到至关重要的作用。
因此，他频繁地往返于府城和金山卫之间，不辞辛劳地关注着水军的训练情况。然而，府内的政事需要他处理，工厂的各种事务也都找他解决，如今又要兼顾水军的训练，这让张好古感到有些力不从心。