鉴于护国军是一支全新的军队，与以往的军队存在诸多不同之处，张好古特别提议由原护国军三营营长孙临担任新成立的二团团长。孙临在之前的工作中表现出色，具备丰富的军事经验和领导能力，相信他能够胜任这一重要职务。至于其他军官的人选，张好古建议由皇上根据实际情况另行选派合适的人员来担任，以确保新组建的二团能够高效运作。
至于工科学院，张好古在经过深思熟虑之后，毅然决然地决定向朝廷呈上一份南迁松江府的奏疏。他深知此举对于学院的发展至关重要，只有将学院迁至松江府，他才能更便捷地随时亲临学院，给予悉心的指导和有效的管理。
不仅如此，张好古还特别恳请朝廷派遣方以智外任，前往松江府出任相应职务。这其中缘由，并非仅仅是因为他在松江府的公务繁忙，人手严重短缺。更关键的是，方以智在工厂管理方面有着卓越的才能和丰富的经验，而这恰好是张好古所急需的。