然而，在崇祯皇帝的强力干预下，内阁和六部经过多日的激烈讨论，最终达成了一项重要决议：同意张好古在上海开埠，并派官员成立上海市舶司。并由张好古亲自负责开埠相关事宜。至于晋商的问题，则与张好古无关，朝廷将另行处理。
过了一段时间，朝廷终于给出了回复。张好古在得知消息后，并没有满足于此，而是决定再给皇帝单独写一份折子。
他深思熟虑后，将自己的想法一一写在折子上。首先，他提到了日本，如果日本能够顺从大明的意愿，那么一切都好商量；但若是日本不听话，那就必须采取强硬手段，让他们知道大明的厉害。
接着，张好古强调了琉球的重要性。他建议朝廷派兵进驻琉球，以确保这片土地始终处于大明的掌控之下。同时，对于被荷兰人占领的台湾岛，也应该毫不犹豫地收回。
在谈到澳门时，张好古明确表示，虽然允许弗朗机人在此进行贸易，但绝对不允许他们拥有管理权。澳门是大明不可分割的一部分，这一点绝不能有丝毫让步。