亚当和创造物全部陷入沉睡后，莉莉丝也陷入沉睡，而人类，和海洋孕育出的无数种生命，在这颗星球繁衍生息，一直到现在。
区分亚当造物与人类的关键，就是力量与智慧。
人类没有强大的at立场，但是却拥有其他使徒所不具备的智慧。
不过人类的高层，背后真正掌控着这个世界的组织【seele】却一直在图谋让全体人类变成一个整体，变成像其他使徒那样的高等层次存在。
为此，他们布置了大量计划。
【人类补完计划委员会】，就是为了监督碇源堂的【nerv】而设立的，而他们也可以控制各个国家的走向。
正准备和夏树去郊外进行训练的碇真嗣听到警报声后停下脚步。
“这是使徒又来了吗？”
碇真嗣站在总部的钢铁长廊内，抬起头，皱着眉头说道。
使徒的本能是回归亚当，实现自身进化的同时引发一次大清洗，而作为人类的碇真嗣，此刻的选择是——战斗。
“喂，美里小姐？”
“对，我在基地内。”
“我马上过去！”
挂掉电话后，真嗣在一阵警报声中朝着机库的方向大步奔跑。
司令室内。
“第三新东京市已经转换为战斗模式，居民住宅均已降至地下，市民们也进入到避难所内。”一名技术员汇报道。
画面中，宛若蓝色正八面体的第五使徒已经接近第三新东京市，马上就要登陆。
“eva初号机驾驶员已经抵达机库，五分钟后初号机就可以完成出击准备。”另一名技术员汇报道。
“好。”葛城美里点头，之后看向屏幕，目光认真，“第五使徒让我看看你的本事吧。”
画面中，第五使徒在夜幕下来到了进入战斗状态的第三新东京市。
蓝色的外壳闪烁着月光。
在踏入城市的那一刻，它突然转换了形态。
躯体在扭转，收缩，变幻，变成了不规则的十字形，庞大的能量在堆积。
看到这一幕，司令室内的众人都感到了一阵不祥的预感。
“嗡！！”
下一秒，一道刺眼的光束