在林晓家族的积极引导下，各文明开始积极应对这些新挑战。尽管宇宙融合的道路依然充满坎坷，但各文明在不断的挫折与调整中，逐渐走向一种更加成熟、稳健的融合模式，向着构建一个和谐、有序、充满活力的宇宙融合大家庭的目标坚定地迈进。
尽管“文明根源觉醒计划”“宇宙资源管理法则”和“宇宙科技探索安全委员会”的设立在一定程度上缓解了新出现的危机，但宇宙融合的进程仍未摆脱曲折的命运，新的困境如同宇宙中的暗物质，无形却有着强大的影响力。
在“文明根源觉醒计划”的推行过程中，一些文明内部出现了极端保守的思潮。他们过度强调本文明的独特性，甚至走向了排外的极端。这些极端保守派认为与其他文明的融合会最终导致本文明的消亡，于是开始抵制任何形式的跨文明交流，包括教育领域的交流活动。他们在本文明内部煽动民众情绪，设置重重障碍，阻碍年轻一代接触外部文明的积极元素。这股思潮的蔓延使得文明间的关系变得紧张，原本积极的文化融合氛围被破坏，宇宙文化融合的进程再次受阻。
社会结构融合方面，新的宇宙资源管理法则虽然在理论上对资源分配和贸易竞争做出了规范，但在实际执行过程中却面临着巨大的监督难题。宇宙的广袤使得资源的分布和流动难以被全面监控，一些文明利用技术手段或者宇宙地理的复杂环境，巧妙地绕过监管进行非法的资源囤积和贸易操纵。这种行为引发了其他文明的强烈不满，导致文明之间的矛盾和冲突加剧。一些小规模的摩擦开始升级为局部的星际冲突，对宇宙的和平与稳定构成了严重威胁。
科技融合领域，“宇宙科技探索安全委员会”虽然严格把控高风险科技研究的审核，但仍有一些边缘文明或者星际冒险团体为了追求巨大的利益或者突破自身的困境，私自进行未经授权的高风险科技探索。这些地下探索行为缺乏有效的安全保障和科学规划，如同在宇宙这个精密的仪器中埋下了一颗颗不定时炸弹。一旦出现问题，其后果不堪设想，而且这种行为的隐蔽性