临终前，他本想将家主之位传给自己最看好的小儿子独孤整，却因为当时独孤整年幼，最终只能留下遗言让长子独孤罗继承了家主之位。
到了开皇十九年，独孤罗去世，在临终前为了完成父亲独孤信生前的遗愿，并没有将家主之位传给自己的长子独孤纂，而是指定自己的七弟独孤整接任家主之位。
大业初年，轮到独孤整病危了，或许是因为感激大哥独孤罗当年将家主之位传给他，因此他并没有让自己唯一的儿子独孤怀恩继任家主，而是将家主之位还给了大哥独孤罗的长子，也就是自己的侄子独孤纂。
这就是为什么说独孤怀恩一直都是独孤家下一任家主的有力竞争者之一的原因。
因为不管于情于理，独孤纂去世后都该将家主之位还给七叔独孤整这一脉。
独孤纂明面上对此自然不会有什么异议，但心中还是一直希望传位给自己的长子独孤宁，将家主之位永远留在自己这一脉。
可为了不引起其他族人非议，他又不好明着剥夺独孤怀恩的继承资格，只能寄希望于独孤怀恩自己犯下大错，从而自动失去继任家主的可能。
或许就连上天都在帮他，几个月前独孤怀恩不知发了什么疯，竟公开揭发了齐王李元吉的种种恶行，致使整个大唐皇室颜面扫地。
虽说独孤怀恩因此得了一个不畏皇权的美名，升任了尚书右仆射，成为独孤家在新王朝拜相的第一人，却也因为此事彻底得罪了大唐皇帝李渊。
李渊为了保全自己的名声，虽然明面上不好将独孤怀恩怎么样，但却将气全撒在了独孤怀恩背后的独孤家身上，不断在暗地里打压他们独孤家的人，搞得不少族人对此怨声载道，对作为始作俑者的独孤怀恩更是深感不满。
独孤纂表面上因为此事都快急得上火了，可心中却是对此暗暗高兴不已。
原因很简单，族人们对独孤怀恩越不满，独孤怀恩继任家主之位的可能性就越低。
当这些族人的不满积累到一定程度的时候，他甚至可以以家主的身份做出大义灭亲的姿态，将独孤怀恩从族谱上除名，将他逐出独孤家，从而彻底断绝他再继任家主之